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摘要为克隆1个水稻产量QTL，对遗传作图亲本珍汕97和明恢63物理图谱上与该QTL相对应的区段进行了比较分析，关闭了2个物理图谱在该区段的物理缺口，对该区段珍汕97和明恢63BAC末端序列分别与日本晴参考序列之间的预测单核苷酸多态性SNP位点进行了检验，发现大部分预测SNP序列正确，而有一部分预测SNP为BAC末端测序错误。验证了的SNP将是基因和QTL克隆的重要分子标记。同时对代表性的推测水稻中花11基因组特有重复序列进行了验证。