单体型装配问题及其算法

来源 :高校应用数学学报:A辑 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zybzsj
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单核苷酸多态性(SNP)单体型装配问题就是从给定的来自某人染色体的SNP片段中去除错误,重构出醛可能与原来片段一致的单体型.这个问题有几个不同的模型:最少片段去除(MFR)问题,最少SNP去除(MSR)问题以及最少错误纠正(MEC)问题.前两个问题的复杂性与算法已有一些学者研究过.第三个问题已被证明是NP完全问题,但这个问题的实际算法还没有,该文对MEC问题给出了一个分支定界算法,这个算法能得到问题的全局最优解.通过这个算法对实际数据的计算说明了MEC模型的合理性,即在一定条件下,通过修正最少的错误重构出
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