由于导致腹泻的原因不同，治疗方法和用药也不同。目前，临床上常用治疗腹泻的药物有抗菌药物、止泻剂、吸附药及肠黏膜保护剂、微生态制剂等。
　　
　　抗菌药只对细菌感染有效
　　从我国的患病情况看，腹泻后只有约30％的患者需应用抗菌药治疗，70％的患者不需要、也不应该用抗菌药治疗，但事实的状况是滥用抗菌药的现象较普遍，真正应该使用抗菌药物的情况应为菌痢、霍乱、婴幼儿沙门菌肠炎、各种重症腹泻、免疫功能低下人群。需要强调的是抗菌药是处方药，必须是医生根据患病情况开具。
　　
　　感染性腹泻禁用止泻剂
　　止泻剂主要作用于肠壁，是通过抑制胃肠平滑肌收缩、抑制肠蠕动，减少排便次数来达到止泻效果的，常用的药物有：地兰诺酯、洛哌丁胺、复方樟脑酊等，主要用于非感染性的一般腹泻，对于感染性腹泻的急性期、炎症及中毒症状较明显时，应视止泻剂为禁忌。
　　如果腹泻次数多，持续时间长，患者出现了脱水症状，则可在补液、抗菌治疗的同时使用止泻剂。
　　
　　急性炎症可用吸附药及肠黏膜保护剂
　　吸附药及肠黏膜保护剂常用于治疗消化不良、急性肠炎、溃疡性结肠炎等引起的腹泻，主要有药用活性炭、鞣酸蛋白、次碳酸铋等。作用原理是药物口服到大肠后，通过吸附或收敛作用减少肠内容物对肠壁的刺激，或形成保护膜，减少肠黏膜渗出而发挥止泻作用，这些药物宜空腹服用。
　　
　　菌群失调宜选微生态制剂
　　临床上常见的微生态制剂有双歧杆菌、嗜酸性乳杆菌、酪酸菌、地衣芽孢菌无毒菌株等，可用于急慢性肠炎、消化不良、肠道菌群失调等。其能大量补充肠道内正常菌群的数量，并能促进其增殖，从而纠正菌群失调，抑制肠道内致病菌的生长，并以此达到止泻目的。