基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析

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【摘要】

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目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的

【作者】

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张曦翟丽孙运艳杨伟高艳章雷鸣潘玉卿

【机构】

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云南省肿瘤医院·,昆明医科大学第三附属医院检验科,云南省肿瘤医院·,昆明医科大学第三附属医院血液科,昆明医科大学第一附属医院检验科云南省实验诊断研究所云南省检验医学重点实验室

【出处】

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吉林大学学报:医学版

【发表日期】

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2020年5期

【关键词】

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生物信息学急性髓系白血病差异基因基因芯片 bioinformaticsacute myeloid leukemiadifferential genesge

【基金项目】

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云南省科技厅-昆明医科大学联合专项资助课题(2015FB070),云南省教育厅科学研究基金项目资助课题(2019J1276)

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目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,

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