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用柱穗山羊草分别与普通小麦、硬粒小麦和粗山羊草杂交，虽然可以获得一部分种子，但结实率非常低。远缘杂交后，有一部分可以正常获得种子，有一部分有乳无胚，有一部分有胚无乳；以普通小麦为母本与柱穗山羊草杂交，获得的杂交种F1代分蘖率极高，5株F1苗，分别有303、122、213、406和341个有效分蘖，还有8个无效分蘖，平均为277个有效分蘖；植株性状出现中亲遗传或超亲遗传，杂交种回交或自交，结实率非常低，只有1％和0．1％。