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为保障水资源安全系统的正常良性运行，除了本身的自组织外，必须要对系统进行科学的合理调节与控制。提出水资源安全系统的内涵及其运行的基本过程，过程包括五个环节，即从自然系统获取水资源，保护被社会生活污染的水资源，将自然的水资源转化加工成社会产品，社会产品的消费及向自然的水资源系统排放废弃物。水资源安全系统的控制过程是一个复杂的系统工程问题，涉及因素繁多，其控制面临主动性、不确定性、不确知性、发展中和分散化的问题。提出水资源安全系统控制的基本原理，指出水资源安全系统的协调控制包括资源协调和任务协调两类协调问题。