为深入了解不同评估方法在县域尺度上生物多样性评估的效果，选取NPP定量指标评估法（模型1）、NPP改进模型法（模型2）和综合评估法（模型3）3种生物多样性评估模型，对福建省武夷山市生物多样性重要性指数和空间格局特征予以比较分析。结果表明：3种评估模型计算得到的生物多样性重要性指数分别在0～93.7、0.54～63.06和38.56～86.31之间；模型1和模型2的评估获得的生物多样性指数空间分布破碎化明显，模型3聚集度较高；3种评估模型获得的各乡镇平均值分别为32.93～46.22、35.62～45.27和67.28～79.25；标准差分别处于17.12～25.63、6.81～12.85 和3.84～7.33之间；模型1、2和3的更重要和最重要面积分别占研究区总面积32%、90.34%和77.93%；在约7 km尺度范围以内，自相关性表现为模型3＜模型2＜模型1；大于7 km则空间自相关系数模型3＞模型1和模型2。从空间分布规律、重要性等级面积、空间自相关来看，模型3在研究区评估效果最好，最符合武夷山现实情况，其次是模型2，最后为模型1。可见，评估模型的参数选择是评估结果不确定的主要来源之一且直接影响评估结果。