目的了解云南省市级疾控中心突发公共卫生事件应急能力现状,提高卫生应急综合工作能力。方法采用面对面调查和自填问卷两种形式对云南省16个市级疾控中心进行卫生应急能力调查,调查内容包括运行管理、监测预警、技术实施、物资储备和获取外援五个方面。使用Epidata 3.02软件完成数据录入与核查,用SPSS 17.0软件进行分析。结果云南省各市级疾控中心疾病监测、突发事件管理、现场调查与处置工作正逐步规范,但在人力资源、工作质量、队伍建设、应急经费与物资储备方面仍存在问题。目前16个市级疾控中心中有7个单位卫生应急人员数无法满足工作需要。突发事件报告完整率为67.6%,96.5%的突发急性传染病疫情和80.3%的食物中毒事件能够规范处置。应急工作经费逐年上升,但地区间分布不均匀,10个地区年平均经费低于15万元以下。各应急队伍均已储备物资,但有12个疾控中心装备不满足卫生应急救援队伍基本装备要求。结论云南省市级疾控中心卫生应急工作体系正逐步完善,但仍需进一步提高应急能力,争取外部资源。