近年来，关于高校智库建设应坚持学术导向还是问题导向，引发了一些讨论。对此，首先应看到，高校与智库在功能性质上并不矛盾，二者可以共同发展、相辅相成。高校承担的人才培养、科学研究和社会服务功能是有机统一的。智库是高校服务社会的一个方面，是在高校发展建设基础上生发出来的一种新型科研组织和功能，它可以反哺和推动高校发展。其次，在高校智库建设中应正确处理问题导向与学术导向的关系，不能将二者简单对立起来，问题导向的科研工作和学术导向的学科建设、人才培养可以互相促进、良性互动。问题意识是学术创新的源泉，高校的改革发展、学术研究和人才培养都要直面现实，有发现问题的敏锐、正视问题的清醒和解决问题的自觉。同时，坚持问题导向也必须以学术发展为支撑、以培养人才为关键、以学术成果转化为目标。离开学术研究和发展，不可能提出科学的问题解决方案，也不可能有效服务社会。
　　进一步地说，基础理论研究与应用对策研究应当齐头并举、互相促进。二者都应研究中国问题，讲好中国故事，形成中国特色话语体系。应用对策研究离不开基础理论研究，基础理论和现代科技发展为政策分析提供理论支撑和先进方法。没有深厚的学术理论支撑，应用对策研究不可能深入、持续和有效。应用研究做得好，也可以刺激基础理论研究和创新。另一方面，二者又各有侧重、分工合作。基础理论研究主要解决“是什么”和“为什么”的问题，应用对策研究重点解决“怎么办”的问题。新型智库不仅要进行应用对策研究，而且要提供新思想、新知识、新战略，促使学术研究经世致用、为民造福。