中国上市公司的独立董事制度颁布至今已有11年的历史，关于独立董事作用的争议一直没有停止过。从各种实证研究看，中国的独立董事制度并没有为公司绩效和公司治理规范化带来实质性的正面影响。这意味着，中国的独立董事制度有效行权的空间还很小。导致中国独立董事难以有效行权的原因很多，但制度性因素是最应该引起注意的。
　　独立董事比例过低。独立董事在董事会中的人数比例过低，他们就没有表决权优势，即使是明显背离股东意志（主要是中小股东的意志）的议案，在非独立董事（中国董事会的结构很复杂，除了独立董事，还有执行（内部）董事、外部非独立董事等）占多数的情况下，也很容易通过。尽管独立董事制度已经建立11年，但1/3的人数比例仍然没有突破。截至2010年底，中国上市公司独立董事的平均比例为36.89%，略超1/3。其中恰好1/3的公司比例达51.54%，低于1/2的公司比例高达94.61%，只有5.39%的公司其独立董事比例超过1/2。很显然，中国上市公司设立独立董事还只是满足于监管部门形式上的要求。上市公司的独立董事显然不是为了科学的决策和监督而自觉和自愿设立的。
　　独立董事设立目的不明确。独立董事制度是美国人的创造，其目的是钳制因公司所有权分散而可能引致的经营者过于膨胀的权力。中国公司的所有权结构是“一股独大”，对于国有上市公司，大股东是国家（监管机构）；对于民营上市公司，大股东是创始人或家族。在这种情况下，中国上市公司设立独立董事的目的应该是制衡国家（监管机构）及创始人（或家族）的权力。同时，国有上市公司“内部人控制”非常严重，这在很大程度上又是由真正的国家股东（即公民）“虚置”而致。因此，中国设立独立董事的目的又必须含有钳制经营者行为在内。就是说，中国上市公司设立独立董事的目的是双重的，而难度也是可想而知的。
　　独立董事与监事会同设且职能重叠。英美等国家的公司只设董事会而不设监事会，设立独立董事是要强化对决策者（执行董事和经营层）的监督；德国等部分欧洲大陆国家的公司由监督董事会进行决策和监督，管理董事会则在其监督下负责公司的管理事务，不再另设独立董事；还有部分国家，如日本，则既有监事会又有独立董事，但大部分公司，监事会和独立董事是不会同设的，二者只能择其一。显然，只有在中国，独立董事和监事会是同设的，而且二者的职能是重叠和冲突的，这种职能的重叠和冲突无疑会造成因各方希望“搭便车”而导致均不作为的问题。
　　独立董事报酬无明确标准，其选任因董事市场缺失而不受声誉资本的约束。中国上市公司独立董事的报酬一直没有明确的标准，使得独立董事的报酬高至几十万乃至上百万的不在少数，还有很多独立董事拥有公司股票，而且很容易变现。在这种情况下，独立董事很容易变成公司高管的附庸而丧失独立性。相比之下，美国的规定则非常严格。如美国纽约证券交易所明确规定，如果独立董事每年获取的报酬超过10万美元，董事会要对其独立性进行评价，进而可能失去独立董事职位。
　　在美英等发达国家，独立董事大都是知名度很高的其他公司现任高管，他们相对而言并不太注重报酬的多少，而是更关心他们的声誉资本。声誉资本会刺激独立董事积极发现公司的问题并给予矫正，如若他们不能解决公司的问题，就很可能会受到商业新闻界、畅所欲言的股东（如机构投资者）的批评，使其声誉大受伤害，进而很难再找到新的独立董事职位和咨询工作，甚至会影响他们现任的高管职务。研究发现，美国的董事市场是具有长期记忆能力的，即高素质董事的杰出表现会为他们带来新的董事职位，而劣质董事离职后则不会被其他企业聘用。对于独立董事同样如此。当然，这里有一个前提，即董事和经理人市场的发育和健全。另外，高知名度的独立董事不太注重报酬，并不意味着他们不要报酬，相反，给予与其知识价值相应的报酬是合理的。不过，在中国的现实条件下，这种报酬的给付者不应是经营者，而应通过股东大会讨论后强制性执行，这样可避免经营者渗入其中，从而影响独立董事的独立性。
　　总之，中国独立董事制度的规范化还有较长的路要走。