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2004年法人化改革确立了日本国立大学的大学法人身份、新的治理内涵与组织形态。通过分析国立大学法人治理结构普遍的运作模式,发现国立大学法人治理结构的运作形成了中央政府的规制缓和与监管、以校长为核心的校级层面集权与协商、部局权限的缩减、校外力量对大学决策的介入、学生的治理参与等主要特征。法人化后至今日本国立大学的治理结构一直处于调整与完善的阶段,期间日本国内对国立大学法人治理结构的检讨主要围绕政府的控制、校长的能力、校外人士治理的效率、旧制的惯性、学校管理人员的专业性、组织文化等议题展开。