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企业型科技孵化器由于其具有市场化运作的特征而日益受到关注。鉴此,文中构建了企业型科技孵化器与创业企业的合作演化模型,并进行演化分析。结果表明,足够大的违约罚金是双方持续合作的基本条件;其次,企业型科技孵化器和创业企业之间存在双向选择关系;而且,通过确定最优持股比例、降低合作成本、提高违约罚金,能够促使双方在合作过程中采取合作策略。