马铃薯APX基因家族的生物信息学分析

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:bing4086
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
马铃薯(Solanum tuberosum)作为全球第三大粮食作物,在国内外广泛种植,但其生长经常受到各种逆境胁迫,使其正常生长发育和代谢受阻,对产量和品质的形成产生不利影响.抗坏血酸过氧化物酶(APX)作为一种清除活性氧的关键酶,在保护植物免受逆境胁迫发挥着重要作用.为了深入了解StAPX基因在马铃薯应激反应中的作用,本研究通过生物信息学方法从马铃薯基因组数据库中检索出了8个StAPXs基因,并对其染色体定位、二级结构、进化关系、保守功能域、启动子顺式作用元件和表达模式进行了分析.结果 表明,马铃薯StA PXs基因编码的氨基酸数在250~420之间,分子量介于27.35~45.83 kD范围内,均为亲水性蛋白.亚细胞定位于过氧化酶体、细胞质、叶绿体和线粒体中.在染色体上呈现不均等分布.蛋白二级结构均主要由α螺旋和无规卷曲组成.系统进化分析发现,马铃薯StA PX与番茄SlA PXs亲缘关系最近,其次是拟南芥,与水稻OsA PXs同源性较低.StA PXs基因外显子数目在8~12之间,氮端和碳端均含有UTR,编码的蛋白序列均含有Motif3和Motif5等保守基序.启动子顺势作用元件分析的结果显示,StA PXs中含有多个参与激素响应、干旱、低温、机械损伤及其它应激反应相关的顺式作用元件和转录因子结合位点.转录组数据分析表明,StAPXs基因在不同的组织中均有表达,特别是StAPX1、StAPX4、StAPX5、StAPX7的表达水平较其它基因高.另外,部分成员受盐、甘露醇、35℃高温、激素和生物胁迫等逆境的诱导表达.本研究结果提供了StAPXs基因家族成员的序列和部分功能信息,为进一步研究StA PXs基因参与逆境胁迫的分子机制提供参考.
其他文献
法治是治国理政的基本方式,是走向现代文明的基本标志。中国特色社会主义法治是扎根于中国土壤的法治,是共产党设计和领导的法治。它不仅是一个手段和工具,更具有牵引的力量,
目的了解社区精神分裂症患者用药现状,旨在为相关决策提供参考。方法利用医院信息系统导出2018年1月至2018年10月我社区精神分裂症患者处方100张,利用自行设计的工作表格对社
本文探讨西安地区大学生情绪调控策略,采用ERQ问卷,对1141大学生接受了(ERQ)的初测和1059大学生进行了重测。结果表明:男女大学生在认知重评策略方面存在显著性差异;不同年级
在新时代背景下,我国经济水平逐步提高,钢铁产业得到了人们普遍的关注。钢铁产业一直都是我们国家的支柱型产业,对我国整体经济增长有着非常重要的影响。为了确保生产工作的
以广东石质边坡14种常用植被为研究对象,设置15种组合,利用液压喷播优化基质,观测植被群落初期动态变化特征及基质硬度与基础呼吸特性,以期为高陡石质立面中后期植被群落生长
通过对污水处理中剩余污泥的产生、用途、成分、以及制肥加工工艺的分析 ,论述了剩余污泥制肥所产生的直接、间接经济效益和社会效益 ,提出了剩余污泥农用制肥的新途径。
我到中办工作以后,一直想来档案馆局看看。今天我和世炬同志一起来,一是看望馆局干部职工,向大家表示慰问;二是就做好新时代档案工作作些调研,听听大家的意见和建议。刚才,参观了明
报纸
走进充满福尔马林气味的中科院水生生物研究所淡水鱼类博物馆,成千上万瓶鱼类标本拥挤地码放在标本架上,还有一些标本只好“委屈”地放在地上。记者注意到一些标本,有的变色
【目的】观察经筋刺法治疗中风偏瘫患者肢体痉挛状态的疗效。【方法】采用区组随机对照的方法,将60例中风偏瘫痉挛患者分为经筋刺法组(治疗组)和传统针刺组(对照组),每组各30