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分子识别是指两个或多个分子靠非共价键专一地结合在一起.分子识别在物质的形成,细胞信号的传递,基因信息的表达和药物的设计等方面起重要的作用.我们首先对数学和计算方法在分子识别上的应用作了回顾,并从量子力学,经典分子力学和热力学上解释分子识别可转换成一类最优化问题.其次,我们指出了解决这类最优化问题的困难.最后,我们报告了在预报配体与蛋白质识别上所获得的一类新的选择方法.这类方法可将预报的成功率从63%提高到90%.