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分子识别是指两个或多个分子靠非共价键专一地结合在一起．分子识别在物质的形成，细胞信号的传递，基因信息的表达和药物的设计等方面起重要的作用．我们首先对数学和计算方法在分子识别上的应用作了回顾，并从量子力学，经典分子力学和热力学上解释分子识别可转换成一类最优化问题．其次，我们指出了解决这类最优化问题的困难．最后，我们报告了在预报配体与蛋白质识别上所获得的一类新的选择方法．这类方法可将预报的成功率从63％提高到90％．