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创新型城市建设是我国转变经济发展方式、实现可持续发展的一个重要途径,因此对创新型城市建设效率的评价具有重要意义。鉴于传统的BCC模型不能对相对有效的决策单元进行进一步分析,引入超效率DEA方法对我国长三角地区12个样本城市进行深入分析。分析结果表明：南京、湖州、绍兴、宁波和苏州的效率尽管是相对有效的,但这几个城市仍处于规模报酬递增状态,可以进一步通过增大投入来提高创新型城市建设成果;而另外几个城市则位于规模报酬递减状态,需要进一步优化资源配置结构,而不是通过增加投入要素来提高产出。