目的探讨乙肝疫苗免疫应答与氨基酸变异的关联性。方法 2012年3月—2013年1月采用整群抽样的方法对新疆某县3所综合性中、小学校1 768名在校学生进行乙肝血清学检测,对HBs Ag、HBs Ab 2项指标均为阴性的469名中小学生进行免疫接种,在免疫前和免疫后1个月分别采集静脉血5 m L用于血清学相关指标检测、提取HBV-DNA、S基因扩增和测序及氨基酸序列推断。结果疫苗接种前的1 768名学生中,HBs Ab阳性1203人,阳性率为67.36%,疫苗接种后的469名学生中,HBs Ab阳性413人,阳性率为88.06%,与接种前比较差异有统计学意义(χ2=74.058,P<0.001)。HBs Ag、HBs Ab2项指标均为阴性的血清样本扩增得到40名S基因序列。40名学生中33名在强化免疫后产生抗体。40名样本中3名为ayw2血清型,5名为adrq+血清型,32名为adw2血清型。ayw2血清型中1名有碱基替换,但是编码的氨基酸是相同的,1名出现插入核苷酸C,导致移码突变。基因序列翻译成氨基酸后分别发生I110L、S113T、K122R、T126I、F134Y、T143S、K159G、K160R突变。结论新疆某县的中小学生强化免疫后表面抗体阳性率高于强化免疫前;免疫应答与否,其S基因氨基酸序列均存在一定频率的变异。