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目的 以实例详述Swiss Dock系统在蛋白质-小分子对接预测中的应用,为科研工作者运用此系统提供参考。方法以黄芩素（小分子）与BMPII型受体（靶蛋白）为研究对象,详细介绍Swiss Dock系统的相关操作,并进行结果分析。结果 Swiss Dock系统预测结果显示黄芩素与BMPII型受体相对接的氨基酸残基是第338位天冬酰胺（ASN338）,而黄芩素与ASN338之间的距离为3.5？,对接模型G=-13.17 kcal/mol。结论 Swiss Dock系统能帮助使用者提交对接物及检索小分子与靶蛋白