改革开放以来,我国行政管理体制改革一直坚持以组织结构调整为主的模式。对于这一模式的影响,尤其对地方政府的影响,一直缺少科学层面的检验和理论层面的反思。本文选取政府绩效作为标杆,利用地方政府公务员的问卷调查数据,探索政府部门间关系和部门管理制度建设影响部门绩效的路径和程度,使用结构方程模型实证检验了行政管理体制改革战略在地方层面的有效性。结果表明,部门间关系作为政府结构的核心特征对于政府绩效并没有直接的影响作用,其影响作用是通过部门制度建设和部门文化间接发挥的;部门制度建设对政府绩效的整体影响要大于部门间关系。因此,在今后的改革中应该给予管理制度层面的改革更多的重视,通过局部的、具体制度的改革为整体的、基本制度的变革创造条件。同时,还应在改革过程中维护政府组织文化的凝聚力和激励性。