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目的：分析胃镜引导下行黏膜切除术在早期胃、食管癌中的临床应用价值。方法：选用我院收治的早期胃、食管癌患者胃镜引导下行黏膜切除术100例作为研究对象，对病灶及切除后病理类型分布状况的比较，分析术前与术后病理诊断的差异性，探究胃镜引导下行黏膜切除手术的临床效果。结果：在120个病灶中，共有15个癌症，中度或重度不典型增生分别有35、25个，非腺瘤性息肉28个，单纯腺瘤17个，此结果与术前的诊断以及术后病理诊断相比较，共有83例相符，其符合率达到69.17%。结论：胃镜引导下行黏膜切除术在早期胃、食管癌中的临床应用价值较高，安全性能好，值得推广和应用。