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科研预算管理是我国普通高校科研管理的核心内容，需要通过信息化的管理手段对传统管理方式进行改革。通过对现行科研经费预算管理中存在的问题进行分析。提出信息化管理的重点在于对预算管理流程及监控手段的完善。通过建立科研经费总体管理流程，统一财务与科研部门对科研预算的管理模式。通过建立基于中转系统运行的预算管理系统，实现高效科研预算的信息化管理。