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目的环孢子虫与微孢子虫作为人类肠道寄生虫常见种类,对人类生存环境造成污染,曾在世界多地爆发性流行,免疫力低下患者感染后可致脱水性腹泻直至死亡,严重威胁人类健康。独龙牛(Bos frontalis)在中国境内仅分布于云南怒江州独龙江和怒江流域,具有很高的经济利用价值与宝贵的遗传资源价值,环孢子虫与微孢子作为肠道寄生虫随粪便排出,可污染环境,由于其存在人兽共患感染型可造成人群感染。本研究利用巢式PCR特异性敏感性及准确性高的特点,选取云南省怒江州独龙牛为调查对象,对毕式微孢子虫和环孢子虫的感染情况进行调查;研究独龙牛的微孢子虫和环孢子虫基因型,为该地区人兽共患微孢子虫病和环孢子虫病的进一步研究提供理论依据。方法从2017年9月至2018年9月,在云南省怒江州福贡县、贡山县周边及村庄共五个地点分四个季节采集到1129份独龙牛粪便样本,用OMG试剂盒提取样本DNA。基于环孢子虫核糖体小亚基(18S rRNA)基因和微孢子虫内转录间隔区(ITS)基因中的多态区,利用巢式PCR扩增提取的样本DNA后凝胶电泳,将测到的阳性标本送测序,确定阳性率。测序结果利用NCBI进行序列检索,应用MEGA6、SPSS19.0、Cluster X 1.83等分子生物学软件进行序列比对分析和进化树绘制,确定虫种、基因型及流行规律。结果1.在怒江州采集到的1129份独龙牛粪便样本中,经巢式PCR扩增、凝胶电泳后测序,共检测到微孢子虫19份,感染率为1.68%(19/1129,95%CI0.93%~2.43%),五个地点总感染率其中福贡县的鸠门当感染率为0(0/218),古泉村感染率为2.73%(6/220,95%CI 0.58%~4.88%),亚左洛村感染率为0.87%(2/231,95%CI 0~2.07%),贡山县茨开镇感染率1.28%(3/234,95%CI0~2.72%),独龙江乡感染率3.54%(8/226,95%CI 1.13%~5.95%),五个地点感染率(P=0.026,差异有统计学意义)。四个季度总感染率其中春季感染率为1.10%(3/272,95%CI 0~2.34%),夏季感染率为3.26%(9/276,95%CI1.17%~5.36%),秋季感染率为1.28%(4/312,95%CI 0.03%~2.53%),冬季感染率为1.12%(3/269,95%CI 0~2.38%),四个季度感染率(P=0.137,差异无统计学意义)。19份阳性样本中鉴定出4种已知基因:EbpC(n=6)、CHN3(n=3)、CHN4(n=4)、BEB4(n=4);两种新基因型分别命名为YNNJ1,YNNJ2。2.采集到的1129份独龙牛粪便样本中,共检测到环孢子虫17份,感染率为1.51%(17/1129,95%CI 0.80%~2.22%),五个地点总感染率其中鸠门当感染率为0(0/218),古泉村感染率为0.91%(2/220,95%CI 0~2.16%),亚左洛村感染率为1.29%(3/232,95%CI 0~2.74%),贡山县茨开镇感染率1.71%(4/234,95%CI 0.05%~3.37%),独龙江乡感染率3.54%(8/226,95%CI1.13%~5.95%),五个地点感染率(P=0.036,差异有统计学意义)。四个季度总感染率其中春季感染率为0.74%(2/272,95%CI 0~1.76%),夏季感染率为2.90%(8/276,95%CI 0.92%~4.88%),秋季感染率为0.64%(2/312,95%CI0~1.55%),冬季感染率为1.86%(5/269,95%CI 0.25%~3.47%),四个季度感染率(P=0.090,差异无统计学意义)。结论本研究首次分析了云南省怒江地区独龙牛微孢子虫的人兽共患基因型种类和环孢子虫种类。独龙牛微孢子虫春夏秋冬感染率分别为1.10%(3/272)、3.26%(9/276)、1.28%(4/312)、1.12%(3/269);独龙牛环孢子虫春夏秋冬感染率分别为0.74%(2/272)、2.90%(8/276)、0.64%(2/312)、1.86%(5/269)。成功鉴定出毕氏微孢子虫基因型:EbpC、CHN3、CHN4、BEB4、YNNJ1、YNNJ2,全部为人兽共患基因型,其中YNNJ1、YNNJ2是本次研究鉴定出的新型微孢子虫,丰富了该虫种的基因型。分析发现微孢子虫不同地点感染率差异有统计学意义,地点是微孢子虫感染的风险因素,以独龙江乡感染率最高;不同季度感染率差异无统计学意义,微孢子虫感染不受季节影响。本实验鉴定出环孢子虫都为牛环孢子虫,分析发现环孢子虫不同地点感染率差异有统计学意义,地点是环孢子虫感染的风险因素,以独龙江乡感染率最高;不同季度感染率差异无统计学意义,环孢子虫感染不受季节影响。