国家自然科学基金委员会与地方人民政府设立的联合基金,对于强化基础研究多元投入,加快推动我国区域自主创新能力具有重要意义。联合基金具有潜在的基础研究溢出效应。与此同时,联合基金强调以区域发展需求为牵引,引导开展跨区域、跨行业、跨学科的基础研究协同创新,客观上要求科研人员在一定程度上离开传统基础研究的"舒适区"。根据联合确定基数法（以下简称"HU理论"）等管理理论,在此情形下,负责人需要有更大的激励才能确保项目的成功实施。本文提出获得技术成熟度的持续提升、更容易被产业接受将对联合基金项目负责人起到重要激励作用,将促进其开展基础研究协同创新和项目结题后成果的融通应用。基于上述认识,以两化融合联合基金为例,开展了运行绩效实证研究并提出了管理建议,为相关部门持续提升联合基金成效提供决策参考。