【摘 要】
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目的寻找最优的DNA解链温度(Tm)预测方法。方法使用12种Tm值预测方法计算来自文献中348个实测数据的Tm值,将每种方法预测值与实验标准值的差值进行四分位法作图,并计算各方法
【机 构】
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军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室;
【基金项目】
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国家科技重大专项资助项目(2009ZX09503-002,2009ZX09301-002,2009ZX09103-616);国家自然科学基金资助项目(30900862,30900830,30800196);蛋白质组学国家重点实验室课题(SKLP-K201004,SKLP-O201002)
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目的寻找最优的DNA解链温度(Tm)预测方法。方法使用12种Tm值预测方法计算来自文献中348个实测数据的Tm值,将每种方法预测值与实验标准值的差值进行四分位法作图,并计算各方法残差平方和的自然对数,排序后比较12种预测方法的优劣。结果使用最邻近法并结合SantaLucia 1998热力学参数表和Schildkraut1965盐浓度校正公式所预测的Tm值最接近实测数据。结论最邻近法是最准确的Tm值预测方法,而且当PCR引物的GC含量越接近于50%时,其预测准确率越高。
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