【摘 要】
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随着二代测序平台的发展,二代测序技术可短时间产生数以千万计长度在100位点左右的测序片段数据（read）,如何快速、准确地将这些read比对到参考基因组上成为测序序列比对算法的
【机 构】
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中国科学技术大学软件学院,中国科学技术大学计算机科学与技术学院,安徽省高性能计算重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金（61672480）
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随着二代测序平台的发展,二代测序技术可短时间产生数以千万计长度在100位点左右的测序片段数据（read）,如何快速、准确地将这些read比对到参考基因组上成为测序序列比对算法的严峻挑战。传统测序比对算法大多是使用种子进行细粒度过滤的方法,种子候选位置较多,造成算法验证时间过大。提出一种基于区域的粗粒度过滤方法,与细粒度过滤方法相结合来提高过滤效果,以提升测序序列比对算法处理速度,并将此过滤方法应用到找全比对Bit Mapper算法中。在线虫基因组和人类基因组上的实验结果表明,融合了区域过滤方法后的算法时间
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