目的:采用化学信息学方法,分析中药化学成分分子结构特征与其抗菌活性的构效关系。方法:采用Cytoscape和ChemViz计算中药化学成分与目前临床使用的抗菌药物的二维化学结构相似度以及表征细胞渗透性的拓扑参数TPSA(To-pological Polar Surface Area,拓扑分子极性表面积)。继而计算8大类中药化学成分与已知抗菌药物的整体化学结构相似程度。结果:相比其他类别的中药化学成分,黄酮类化合物表现出与现有抗菌药物较好的结构相似度,适宜的细胞渗透性。结合其较好的药物安全性特点,提示这类化合物可作为进一步合成抗菌药物的优选先导化合物骨架结构来源。结论:化学信息学的应用有助于探究中药化学成分分子结构特征与其抗菌活性的构效关系,寻找合适的抗菌药物先导化合物骨架结构。