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赵统先生的《南菁书院志》终于完稿，洋洋洒洒五十万字，我拿到电子版后，迫不及待地将它读完，颇多感慨。
我对南菁书院的兴趣，始于对张闻远学术资料的搜集。因为闻远先生肄业南菁，我二○一一年开始四处搜索关于南菁书院的资料，就在旧书网上买了一本南菁中学自印的《南菁书院志》初稿，大约二十万字，对南菁书院的历史沿革、教育制度、学术传统、主要人物都有简洁但清楚的介绍，读毕有很大收获，但也萌生了许多困惑，对南菁书院更是心向往之，就有了看看南菁旧址的想法，于是在这年秋天第一次来到了位于江阴的南菁中学（即清末的南菁书院所在地），见到了它的作者赵统先生。
赵统先生已过六旬，清癯朴素，极为谦和，是江阴的一位退休语文老师，读书极多，有着很高的学识，对清代书院制度、科举制度、学政制度等有很深的研究。他本非南菁中学的老师，却被南菁中学特意调来修志。赵先生走遍了全国各地的图书馆，翻阅了相关人物的文集、传记和回忆录数百种，先写出了这部初稿。初稿虽就，但他对南菁书院的感情很深，陆陆续续又看到了大量资料，期待能够完善成更丰富的一部书院志。他对南菁书院的情况如数家珍，好像自己就是从当时的南菁书院走出来的，无论为人为学，都散发着清代江南学者的书卷气息。后来得知，赵先生的父亲蓉裳先生是唐蔚芝先生在无锡国专的亲炙弟子，果然是南菁学人的嫡系后裔，江阴数日的交谈就带我回到了光绪八年的江南学界。
江阴虽是小城，却扼长江天堑的咽喉，为历代兵家必争之地，且位于人文荟萃的苏南正中央，极富舟楫之利，故明清两代的江苏学政衙门都不在江宁或苏州，而常驻江阴。光绪八年，兵部侍郎、江苏学政瑞安黄漱兰既有感于科举制艺难以培育人才，又期待曾文正、左文襄这样的大贤出现（支持建立南菁书院本就是左文襄晚年的一大善举），在此建南菁书院。
黄漱兰最初为书院延聘的院长是南汇张啸山，啸山先生却很快谢世，其后定海黄元同主持南菁教席十五年，成为南菁学术的灵魂。漱兰自己也很快离开了江苏学政的位子，继任者是著名学者长沙王益吾。王先生在南菁刊刻了《皇清经解续编》，而且对南菁学术有着更实质的影响。元同、益吾二位学问大师真正塑造了南菁的治学方向，他们没有像黄漱兰最初预想的那样，培养出曾、左那样的经世之才，却培养出了不少相当优秀的学问家，使南菁书院成为清代学术和传统书院制度的最后辉煌。
漱兰在位时间虽短，但言南菁者必推始漱兰，因为他在几个重要方面塑造了南菁书院的风格。其创始之功，首先在于为这座书院命名南菁。在建院之时，漱兰的老师孙琴西（即孙仲容之父）曾建议以“崇让”命名，漱兰却未接受，而是命名为“南菁”。关于此书院何以如此命名，赵统先生有非常详细的叙述。张啸山认为此名取自《诗经》“菁菁者莪”之语，漱兰则解释说：“乃取朱子《子游祠堂记》所谓‘南方之学，得其菁华’者，命曰‘南菁’。”说得虽明，这却隐然有鄙视北方之学的意思。在清代汉、宋相争的学术语境下，以此命名，南北之分似乎就是汉宋之分，《北史》李延寿所说的“南人约简，得其菁华；北学深芜，穷其枝叶”正合此意。元同以为，南菁书院的指归，是要以枝叶培养菁华，以菁华继其枝叶，即“博文约礼”。漱兰、啸山、元同均为南菁书院创始者，经他们的层层解释，南菁书院的学术取向清晰地呈现出来。而这正体现在漱兰先生并祀郑君、朱子的安排中。
漱兰在南菁书院立郑君、朱子二先生木主，又在藏书楼上撰长联云：“东西汉，南北宋，儒林文苑，集大成于二先生，宣圣室中人，吾党未容分两派；十三经，廿四史，诸子百家，萃总目之万余种，文宗江上阁，斯楼应许附千秋。”此联气势豪迈，胸襟博大，已成名联，而它最好地诠释了祭祀二贤木主的安排，也为南菁书院以后的发展指明了方向。当初，仪征阮芸台在杭州立诂经精舍，并祀许叔重、郑康成二君木主，展现了乾嘉之际汉学兴盛时的学术取向。而今，南菁书院并祀郑、朱二主，鲜明地揭示出汉宋兼采的倾向。南菁虽未培养出曾、左那样的经世之才，却继承了曾、左汉宋兼采的思想倾向并发扬光大，也算不负漱兰起初的愿望了。
啸山先生云：“夫高密博极群书无论矣，新安于百家杂说，无不究其指归，晚年定《仪礼经传通解》，一以高密为主，然则其学已汇于同，而訾訾者犹强辨之，多见其不自量矣。”其弟子、南菁书院最早的课生闵颐生亦在《南菁书院祀郑朱二公祝文》中写道：“曰若二公，大道之宗。距千百年，一以贯通。”此后的黄元同与王益吾的学问都是偏重汉学，但对宋学不仅非常尊重，而且相当强调，体现了汉宋兼采的取向。王益吾在《皇清经解续编》中对宋学和今文经学都持开放态度，就是与阮芸台的学海堂《皇清经解》最大的不同。
汉宋之间的门户纷争是乾嘉时代重大的学术公案，而在晚清学术界，汉宋兼采已经成为相当公认的一个方向，究竟该如何兼采，大家却有非常不同的路数。汉学、宋学毕竟有着相当实质的不同，强为兼采，谈何容易！晚清提倡汉宋兼采非常有力的陈兰甫被章太炎讥为“鸠合汉宋”，“弃其大体绝异者，独取小小翕盍”。赵统先生特别点出，陈兰甫逝世之年，正是南菁书院建院之时，似乎有冥冥中的安排。元同先生对南菁弟子学问的实质塑造，乃至他对清代学术最实质的影响，就在于他的汉宋兼采之道。
自梁任公治清代学术史，论者多以为清代仅有学问，而无思想，以为是清人仅仅钻在故纸堆中经营饾饤之学的雕虫小技，实是未能体会清人转向经学的真正用意和深刻思考。清代学界的汉宋之争，起于明遗民对明代学术的反思和纠正，并由明学上溯宋学，此于船山、亭林的言论中都可以看出来。顾亭林提倡读经，主张经学即理学，开创了清人训诂考据之学的先声，尤重礼学。其后经学研究日渐昌明，更有徐健庵、秦味经、江慎修等大家在礼学上的不断努力，至乾嘉诸老，清人的经学和礼学成就都已经非常可观。江慎修虽为汉学宗师，但他的《礼书纲目》深有取于朱子的《仪礼经传通解》，他又为《近思录》做注，更是表现出对宋学的亲近。可见，即便在汉学最盛之时，汉宋兼采的思路也很重要。在思想上明确标出对宋学的批判态度的，乃是慎修的弟子休宁戴东原。东原猛烈攻击宋儒以理杀人，凌次仲、阮芸台紧随其后，提出了以礼代理的主张。论者多以东原为清代的大哲学家和思想家，殊不知东原之思想与其治经的学问本不可分，而程易畴之《仪礼丧服文足征记》、凌次仲之《礼经释例》，正是以礼代理思想的落实之处。简言之，清代汉学对宋学的攻击，不仅有其经学整理上的理由，更有思想脉络上的依据，相当有力，并不只是意气之争而已。戴东原将汉宋思想的实质差别明确揭示出来，其实是将顾亭林、颜习斋、李恕谷等人对宋学的反思以更集中、更激烈的方式表达了出来，从此之后，汉学对宋学的批判就不仅是空谈性理、训诂句读不明，而且已经对其性理之说构成了严重的挑战，其中心问题就是礼理之辨，即究竟是否存在一个独立于人伦日用之外的天理。此后的学人文集中，我们可以看到很多关于这个问题的讨论，此后的礼学研究，也都在以各种方式回答这个问题，而绝不仅仅是考证名物制度而已。 数十年后，汉宋兼采虽已成为学者的共识，但若要兼采，就必须克服当初汉宋分途时面对的问题，即必须回应戴东原等人对宋学的攻击，重新厘定礼学和理学的关系。陈兰甫的汉宋兼采方法之所以为后人诟病，正是因为他没能找到一条令人满意的兼采之路，看上去只是为兼采而兼采，失之于牵强调停。
在诸多兼采汉宋的努力中，定海黄氏一门脱颖而出。元同先生之父薇香夫子十分认真地对待东原一脉对宋儒的攻击，其《约礼说》、《复礼说》、《崇礼说》是对凌次仲《复礼》三篇更深入的展开，《申戴氏气说》、《申戴氏理说》、《申戴氏性说》更是对东原思想的全面回应。薇香治经论学，非常认真地对待东原一系对理学的批评，却依然能够肯定宋儒。至元同先生，更将此一思路展现给了南菁弟子。与凌次仲、程易畴一样，元同先生是通过扎实的礼学研究来面对汉宋之间的思想问题的。其 《礼书通故》 是清代礼学研究的集大成之书，但非进入到礼学细部很难看出其中的思想用意。而理解元同先生思想的关窍，愚见以为当属《经训比义》。
赵统先生记录下了南菁弟子为元同先生刊刻《经训比义》的有趣经过。元同先生早年即有是书之作，秘藏四十年不肯刊刻，其南菁弟子欲索书一观，先生最后终于出示弟子，也讲了自己不愿刊刻的理由：“是书之作，条析字义，而读陈北溪书者，将谓我违异师说；读东原 《疏证》 者，将谓我调停宋儒。大道多歧，孰能是正？编辑旧闻，自求印证而已。”元同似很担心他人说自己调停宋儒，而其弟子却认为：“仲尼歾，微言将绝。读是书，炳如日星矣，可以发陈氏之墨守，可以砭戴氏之狂嚣，诚有功于先圣，大有益于后学。请早付梓，以供同好。”群弟子给此书如此高的评价，其原因之一就是认为可以对抗戴东原的挑战。在黄先生一再拒绝的情况下，诸弟子趁着老师暂时外出数月，竟自筹资金，为老师刊刻了此书。元同回来后木已成舟，他既为贫寒诸生给自己筹资刻书而自愧于心，更不可能再拒绝刊刻了，只好为它作了《弁言》。
南菁师弟均以为此书有对东原问题的回应，而若看《经训比义》的“理”字一条，却与东原之说一脉相承，完全不同意宋儒的说法。唐蔚芝也记录了元同对东原的评价：“戴东原先生《孟子字义疏证》立说俱是，而近于毁骂。”其实无论薇香还是元同，对理的看法与东原并无不同，他却又高张汉宋兼采的旗帜，这种汉宋兼采，究竟是如何做到的呢？陈兰甫主张“理学即礼学”，黄元同主张“礼学即理学”，其区别似在毫厘之间，但这正是南菁派的汉宋兼采最不同于东塾派的汉宋兼采的地方。
元同先生为南菁弟子留下了著名的八个字“实事求是，莫做调人”，反对以调停的方式兼采汉宋：“今之调停汉宋者有二术，一曰两通之，一曰两分之。夫郑、朱之说，自有大相径庭者，欲执此而通彼，瞀儒不学之说也。郑注之义理，时有长于朱子；朱子之训诂，亦有胜于郑君。必谓训诂宗汉，理义宗宋，分为两戒，亦俗儒一孔之见也。”这对南菁弟子影响极深，而其中也正体现了元同先生对待汉宋之学的态度。他虽主张兼采汉宋，于清代前辈对理学的批评，却是认真吸取的。但他又不肯像凌次仲那样完全否定天理，仍然认为理是一个重要概念。于是，他采取了以礼学来解释理学的方式。在《南菁书院讲学记》中，他说：“而不以礼为权衡，文章虽工，亦郑卫淫哇之声也；经济虽长，亦杂霸刑法之治也；理义虽明，亦庄老虚无之谈也。礼也者，天之经，地之义，民之则，崇效卑法，有天地即有是礼。故典曰‘天叙’，礼曰‘天秩’，而谓礼为后起之物，岂其然乎？君臣、父子、兄弟、夫妇、朋友之间，恭敬撙节退让，有不能自已者，是礼出于性之自然，而莫可遏，而谓礼为忠信之薄，庸非谬乎？”所谓“礼学即理学”，就在于以礼言理，而不再是前辈所提倡的以礼代理。南菁书院尊奉郑君、朱子木主，并不是要强行将郑君的训诂与朱子的性理牵合到一起，而是在礼学中寻义理，于理学中明礼意。元同一脉的礼学，乃是发明义理的礼学，而不仅仅限于名物制度的考证辨析；这种礼学就是理学，但所言之理，并不是虚灵不昧、在万物之先的天理，而是存在于人伦日用之中，体现在揖让进退之间的理。
南菁弟子张闻远在光绪十三年的一份课艺中写道：“天下学术之大端，理学、礼学而已矣。二者一贯，本末之谓也。学于此而能兼通之者，在汉惟郑氏，在宋惟朱子……盖郑氏为礼学大宗，而颇阐发性道；朱子为理学大宗，而尤博通三礼。”其后，曹叔彦也说：“六经同归，其指在礼，圣人之道，一礼而已。礼所以明人伦，理之不可易者也。汉师礼学，宋贤理学，皆所以修身立道，辅世长民。”二位先生皆深得元同真传。闻远之《丧服郑氏学》、《丧礼郑氏学》，叔彦之《礼经校释》、《礼经学》，都继承了元同先生《礼书通故》的思想取向而发挥之，以探明礼乐之理为要旨。其他许多南菁弟子，如唐蔚芝、胡绥之、陈善余，甚至早期的吴稚晖，无不深受这一思想的影响。
因此可以说，黄漱兰将书院命名为南菁，安排对郑君、朱子之木主的祭祀，以及写下气象雄伟的长联，已经初步奠定了南菁书院的格局与规模；王益吾苦心经营书院，编辑刊刻《皇清经解续编》，使南菁书院为清人近三百年的经学研究做出了一个相当圆满的总结；而黄元同礼学即理学的思想，更是南菁学人的精神所在。其他如缪筱珊、林晋霞、瞿子玖、溥玉岑诸公，也无不贡献于南菁书院的学术和教育事业，使它在更实质的意义上成为清代经学研究的最后一个重镇。
面对书院林立的状况，南菁诸公一开始就为它设计了非常不一般的制度。无论在江苏各县严格的课生选拔制度，以经古学为主的分科方式，坚持多年的双院长制度，还是自由研习的学术氛围，都使此书院在清末的诸多书院中与众不同，多年后胡适之先生还盛赞南菁书院的教育制度，以为它完全可以和西方大学的研究院相比。
但在愈来愈猛烈的西学冲击面前，南菁诸公虽然总希望能通经致用，却并未做好充分的准备。今天翻看元同、益吾时期的课艺，多有讨论兵制、阵法、算术的题目，但对于如何应对西学，却仍然没有头绪。元同先生掌教十五年之后，终于在光绪二十四年离开江阴，而当时的江苏学政正在讨论在南菁增设西学的问题。元同在《示诸生书》中告诫弟子们说：“夫中土士人文弱，必不能手执艺事如西人之不惮烦，即有知其法，亦能说不能行，曷若《大学》之教‘三达德’、‘五达道’，率我性分所固有，事事可见诸实践，无烦援其所不及，强其所不知，如西学凿智斲性之为哉！《大学》之法，具在六经，能谨守其教而审行之，人才自出，国家可兴，如谓非西法不能靖世，岂中国数千年之天下皆泯棼之世邪？如谓时势有不同，岂知与时变迁者，其术也，而道亘天地而不变。”七十一岁的黄元同先生归隐杭州，一年以后离世，没有亲眼看到西学带来的巨大动荡，更没有看到南菁以后的境况。
我对南菁书院的兴趣，始于对张闻远学术资料的搜集。因为闻远先生肄业南菁，我二○一一年开始四处搜索关于南菁书院的资料，就在旧书网上买了一本南菁中学自印的《南菁书院志》初稿，大约二十万字，对南菁书院的历史沿革、教育制度、学术传统、主要人物都有简洁但清楚的介绍，读毕有很大收获，但也萌生了许多困惑，对南菁书院更是心向往之，就有了看看南菁旧址的想法，于是在这年秋天第一次来到了位于江阴的南菁中学（即清末的南菁书院所在地），见到了它的作者赵统先生。
赵统先生已过六旬，清癯朴素，极为谦和，是江阴的一位退休语文老师，读书极多，有着很高的学识，对清代书院制度、科举制度、学政制度等有很深的研究。他本非南菁中学的老师，却被南菁中学特意调来修志。赵先生走遍了全国各地的图书馆，翻阅了相关人物的文集、传记和回忆录数百种，先写出了这部初稿。初稿虽就，但他对南菁书院的感情很深，陆陆续续又看到了大量资料，期待能够完善成更丰富的一部书院志。他对南菁书院的情况如数家珍，好像自己就是从当时的南菁书院走出来的，无论为人为学，都散发着清代江南学者的书卷气息。后来得知，赵先生的父亲蓉裳先生是唐蔚芝先生在无锡国专的亲炙弟子，果然是南菁学人的嫡系后裔，江阴数日的交谈就带我回到了光绪八年的江南学界。
江阴虽是小城，却扼长江天堑的咽喉，为历代兵家必争之地，且位于人文荟萃的苏南正中央，极富舟楫之利，故明清两代的江苏学政衙门都不在江宁或苏州，而常驻江阴。光绪八年，兵部侍郎、江苏学政瑞安黄漱兰既有感于科举制艺难以培育人才，又期待曾文正、左文襄这样的大贤出现（支持建立南菁书院本就是左文襄晚年的一大善举），在此建南菁书院。
黄漱兰最初为书院延聘的院长是南汇张啸山，啸山先生却很快谢世，其后定海黄元同主持南菁教席十五年，成为南菁学术的灵魂。漱兰自己也很快离开了江苏学政的位子，继任者是著名学者长沙王益吾。王先生在南菁刊刻了《皇清经解续编》，而且对南菁学术有着更实质的影响。元同、益吾二位学问大师真正塑造了南菁的治学方向，他们没有像黄漱兰最初预想的那样，培养出曾、左那样的经世之才，却培养出了不少相当优秀的学问家，使南菁书院成为清代学术和传统书院制度的最后辉煌。
漱兰在位时间虽短，但言南菁者必推始漱兰，因为他在几个重要方面塑造了南菁书院的风格。其创始之功，首先在于为这座书院命名南菁。在建院之时，漱兰的老师孙琴西（即孙仲容之父）曾建议以“崇让”命名，漱兰却未接受，而是命名为“南菁”。关于此书院何以如此命名，赵统先生有非常详细的叙述。张啸山认为此名取自《诗经》“菁菁者莪”之语，漱兰则解释说：“乃取朱子《子游祠堂记》所谓‘南方之学，得其菁华’者，命曰‘南菁’。”说得虽明，这却隐然有鄙视北方之学的意思。在清代汉、宋相争的学术语境下，以此命名，南北之分似乎就是汉宋之分，《北史》李延寿所说的“南人约简，得其菁华；北学深芜，穷其枝叶”正合此意。元同以为，南菁书院的指归，是要以枝叶培养菁华，以菁华继其枝叶，即“博文约礼”。漱兰、啸山、元同均为南菁书院创始者，经他们的层层解释，南菁书院的学术取向清晰地呈现出来。而这正体现在漱兰先生并祀郑君、朱子的安排中。
漱兰在南菁书院立郑君、朱子二先生木主，又在藏书楼上撰长联云：“东西汉，南北宋，儒林文苑，集大成于二先生，宣圣室中人，吾党未容分两派；十三经，廿四史，诸子百家，萃总目之万余种，文宗江上阁，斯楼应许附千秋。”此联气势豪迈，胸襟博大，已成名联，而它最好地诠释了祭祀二贤木主的安排，也为南菁书院以后的发展指明了方向。当初，仪征阮芸台在杭州立诂经精舍，并祀许叔重、郑康成二君木主，展现了乾嘉之际汉学兴盛时的学术取向。而今，南菁书院并祀郑、朱二主，鲜明地揭示出汉宋兼采的倾向。南菁虽未培养出曾、左那样的经世之才，却继承了曾、左汉宋兼采的思想倾向并发扬光大，也算不负漱兰起初的愿望了。
啸山先生云：“夫高密博极群书无论矣，新安于百家杂说，无不究其指归，晚年定《仪礼经传通解》，一以高密为主，然则其学已汇于同，而訾訾者犹强辨之，多见其不自量矣。”其弟子、南菁书院最早的课生闵颐生亦在《南菁书院祀郑朱二公祝文》中写道：“曰若二公，大道之宗。距千百年，一以贯通。”此后的黄元同与王益吾的学问都是偏重汉学，但对宋学不仅非常尊重，而且相当强调，体现了汉宋兼采的取向。王益吾在《皇清经解续编》中对宋学和今文经学都持开放态度，就是与阮芸台的学海堂《皇清经解》最大的不同。
汉宋之间的门户纷争是乾嘉时代重大的学术公案，而在晚清学术界，汉宋兼采已经成为相当公认的一个方向，究竟该如何兼采，大家却有非常不同的路数。汉学、宋学毕竟有着相当实质的不同，强为兼采，谈何容易！晚清提倡汉宋兼采非常有力的陈兰甫被章太炎讥为“鸠合汉宋”，“弃其大体绝异者，独取小小翕盍”。赵统先生特别点出，陈兰甫逝世之年，正是南菁书院建院之时，似乎有冥冥中的安排。元同先生对南菁弟子学问的实质塑造，乃至他对清代学术最实质的影响，就在于他的汉宋兼采之道。
自梁任公治清代学术史，论者多以为清代仅有学问，而无思想，以为是清人仅仅钻在故纸堆中经营饾饤之学的雕虫小技，实是未能体会清人转向经学的真正用意和深刻思考。清代学界的汉宋之争，起于明遗民对明代学术的反思和纠正，并由明学上溯宋学，此于船山、亭林的言论中都可以看出来。顾亭林提倡读经，主张经学即理学，开创了清人训诂考据之学的先声，尤重礼学。其后经学研究日渐昌明，更有徐健庵、秦味经、江慎修等大家在礼学上的不断努力，至乾嘉诸老，清人的经学和礼学成就都已经非常可观。江慎修虽为汉学宗师，但他的《礼书纲目》深有取于朱子的《仪礼经传通解》，他又为《近思录》做注，更是表现出对宋学的亲近。可见，即便在汉学最盛之时，汉宋兼采的思路也很重要。在思想上明确标出对宋学的批判态度的，乃是慎修的弟子休宁戴东原。东原猛烈攻击宋儒以理杀人，凌次仲、阮芸台紧随其后，提出了以礼代理的主张。论者多以东原为清代的大哲学家和思想家，殊不知东原之思想与其治经的学问本不可分，而程易畴之《仪礼丧服文足征记》、凌次仲之《礼经释例》，正是以礼代理思想的落实之处。简言之，清代汉学对宋学的攻击，不仅有其经学整理上的理由，更有思想脉络上的依据，相当有力，并不只是意气之争而已。戴东原将汉宋思想的实质差别明确揭示出来，其实是将顾亭林、颜习斋、李恕谷等人对宋学的反思以更集中、更激烈的方式表达了出来，从此之后，汉学对宋学的批判就不仅是空谈性理、训诂句读不明，而且已经对其性理之说构成了严重的挑战，其中心问题就是礼理之辨，即究竟是否存在一个独立于人伦日用之外的天理。此后的学人文集中，我们可以看到很多关于这个问题的讨论，此后的礼学研究，也都在以各种方式回答这个问题，而绝不仅仅是考证名物制度而已。 数十年后，汉宋兼采虽已成为学者的共识，但若要兼采，就必须克服当初汉宋分途时面对的问题，即必须回应戴东原等人对宋学的攻击，重新厘定礼学和理学的关系。陈兰甫的汉宋兼采方法之所以为后人诟病，正是因为他没能找到一条令人满意的兼采之路，看上去只是为兼采而兼采，失之于牵强调停。
在诸多兼采汉宋的努力中，定海黄氏一门脱颖而出。元同先生之父薇香夫子十分认真地对待东原一脉对宋儒的攻击，其《约礼说》、《复礼说》、《崇礼说》是对凌次仲《复礼》三篇更深入的展开，《申戴氏气说》、《申戴氏理说》、《申戴氏性说》更是对东原思想的全面回应。薇香治经论学，非常认真地对待东原一系对理学的批评，却依然能够肯定宋儒。至元同先生，更将此一思路展现给了南菁弟子。与凌次仲、程易畴一样，元同先生是通过扎实的礼学研究来面对汉宋之间的思想问题的。其 《礼书通故》 是清代礼学研究的集大成之书，但非进入到礼学细部很难看出其中的思想用意。而理解元同先生思想的关窍，愚见以为当属《经训比义》。
赵统先生记录下了南菁弟子为元同先生刊刻《经训比义》的有趣经过。元同先生早年即有是书之作，秘藏四十年不肯刊刻，其南菁弟子欲索书一观，先生最后终于出示弟子，也讲了自己不愿刊刻的理由：“是书之作，条析字义，而读陈北溪书者，将谓我违异师说；读东原 《疏证》 者，将谓我调停宋儒。大道多歧，孰能是正？编辑旧闻，自求印证而已。”元同似很担心他人说自己调停宋儒，而其弟子却认为：“仲尼歾，微言将绝。读是书，炳如日星矣，可以发陈氏之墨守，可以砭戴氏之狂嚣，诚有功于先圣，大有益于后学。请早付梓，以供同好。”群弟子给此书如此高的评价，其原因之一就是认为可以对抗戴东原的挑战。在黄先生一再拒绝的情况下，诸弟子趁着老师暂时外出数月，竟自筹资金，为老师刊刻了此书。元同回来后木已成舟，他既为贫寒诸生给自己筹资刻书而自愧于心，更不可能再拒绝刊刻了，只好为它作了《弁言》。
南菁师弟均以为此书有对东原问题的回应，而若看《经训比义》的“理”字一条，却与东原之说一脉相承，完全不同意宋儒的说法。唐蔚芝也记录了元同对东原的评价：“戴东原先生《孟子字义疏证》立说俱是，而近于毁骂。”其实无论薇香还是元同，对理的看法与东原并无不同，他却又高张汉宋兼采的旗帜，这种汉宋兼采，究竟是如何做到的呢？陈兰甫主张“理学即礼学”，黄元同主张“礼学即理学”，其区别似在毫厘之间，但这正是南菁派的汉宋兼采最不同于东塾派的汉宋兼采的地方。
元同先生为南菁弟子留下了著名的八个字“实事求是，莫做调人”，反对以调停的方式兼采汉宋：“今之调停汉宋者有二术，一曰两通之，一曰两分之。夫郑、朱之说，自有大相径庭者，欲执此而通彼，瞀儒不学之说也。郑注之义理，时有长于朱子；朱子之训诂，亦有胜于郑君。必谓训诂宗汉，理义宗宋，分为两戒，亦俗儒一孔之见也。”这对南菁弟子影响极深，而其中也正体现了元同先生对待汉宋之学的态度。他虽主张兼采汉宋，于清代前辈对理学的批评，却是认真吸取的。但他又不肯像凌次仲那样完全否定天理，仍然认为理是一个重要概念。于是，他采取了以礼学来解释理学的方式。在《南菁书院讲学记》中，他说：“而不以礼为权衡，文章虽工，亦郑卫淫哇之声也；经济虽长，亦杂霸刑法之治也；理义虽明，亦庄老虚无之谈也。礼也者，天之经，地之义，民之则，崇效卑法，有天地即有是礼。故典曰‘天叙’，礼曰‘天秩’，而谓礼为后起之物，岂其然乎？君臣、父子、兄弟、夫妇、朋友之间，恭敬撙节退让，有不能自已者，是礼出于性之自然，而莫可遏，而谓礼为忠信之薄，庸非谬乎？”所谓“礼学即理学”，就在于以礼言理，而不再是前辈所提倡的以礼代理。南菁书院尊奉郑君、朱子木主，并不是要强行将郑君的训诂与朱子的性理牵合到一起，而是在礼学中寻义理，于理学中明礼意。元同一脉的礼学，乃是发明义理的礼学，而不仅仅限于名物制度的考证辨析；这种礼学就是理学，但所言之理，并不是虚灵不昧、在万物之先的天理，而是存在于人伦日用之中，体现在揖让进退之间的理。
南菁弟子张闻远在光绪十三年的一份课艺中写道：“天下学术之大端，理学、礼学而已矣。二者一贯，本末之谓也。学于此而能兼通之者，在汉惟郑氏，在宋惟朱子……盖郑氏为礼学大宗，而颇阐发性道；朱子为理学大宗，而尤博通三礼。”其后，曹叔彦也说：“六经同归，其指在礼，圣人之道，一礼而已。礼所以明人伦，理之不可易者也。汉师礼学，宋贤理学，皆所以修身立道，辅世长民。”二位先生皆深得元同真传。闻远之《丧服郑氏学》、《丧礼郑氏学》，叔彦之《礼经校释》、《礼经学》，都继承了元同先生《礼书通故》的思想取向而发挥之，以探明礼乐之理为要旨。其他许多南菁弟子，如唐蔚芝、胡绥之、陈善余，甚至早期的吴稚晖，无不深受这一思想的影响。
因此可以说，黄漱兰将书院命名为南菁，安排对郑君、朱子之木主的祭祀，以及写下气象雄伟的长联，已经初步奠定了南菁书院的格局与规模；王益吾苦心经营书院，编辑刊刻《皇清经解续编》，使南菁书院为清人近三百年的经学研究做出了一个相当圆满的总结；而黄元同礼学即理学的思想，更是南菁学人的精神所在。其他如缪筱珊、林晋霞、瞿子玖、溥玉岑诸公，也无不贡献于南菁书院的学术和教育事业，使它在更实质的意义上成为清代经学研究的最后一个重镇。
面对书院林立的状况，南菁诸公一开始就为它设计了非常不一般的制度。无论在江苏各县严格的课生选拔制度，以经古学为主的分科方式，坚持多年的双院长制度，还是自由研习的学术氛围，都使此书院在清末的诸多书院中与众不同，多年后胡适之先生还盛赞南菁书院的教育制度，以为它完全可以和西方大学的研究院相比。
但在愈来愈猛烈的西学冲击面前，南菁诸公虽然总希望能通经致用，却并未做好充分的准备。今天翻看元同、益吾时期的课艺，多有讨论兵制、阵法、算术的题目，但对于如何应对西学，却仍然没有头绪。元同先生掌教十五年之后，终于在光绪二十四年离开江阴，而当时的江苏学政正在讨论在南菁增设西学的问题。元同在《示诸生书》中告诫弟子们说：“夫中土士人文弱，必不能手执艺事如西人之不惮烦，即有知其法，亦能说不能行，曷若《大学》之教‘三达德’、‘五达道’，率我性分所固有，事事可见诸实践，无烦援其所不及，强其所不知，如西学凿智斲性之为哉！《大学》之法，具在六经，能谨守其教而审行之，人才自出，国家可兴，如谓非西法不能靖世，岂中国数千年之天下皆泯棼之世邪？如谓时势有不同，岂知与时变迁者，其术也，而道亘天地而不变。”七十一岁的黄元同先生归隐杭州，一年以后离世，没有亲眼看到西学带来的巨大动荡，更没有看到南菁以后的境况。