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针对Job Shop环境中工序加工时间的不确定性，建立加工时间随机可控Job Shop调度问题随机模型。采用效率指标和鲁棒性指标对调度方案进行双目标评价。提出一种分层求解策略实现双目标优化，并采用嵌入最优计算量分配策略的遗传算法求解模型。仿真实验证明了所提出模型及优化算法的可行性。通过与直接采用均值－方差模型进行双目标优化得到的结果进行比较，证明了所提出的分层求解策略和算法可以获得综合性能更好的调度方案。