新旧世纪之交以来,水生态环境持续恶化的现实使流域生态补偿成为我国生态补偿实践的重点领域,并形成了以流域源头保护为主的项目补偿、流域水污染控制责任制及跨区补偿和水资源短缺下的水权交易补偿等三种主要模式。三种模式都具有针对性强的共同特点,均对流域生态环境的保护发挥了重要的作用,是推动流域生态补偿制度完善的有益探索。主要的问题是还没有综合系统考虑流域生态补偿问题,存在补偿面狭小零散且随意性强,既有疏于投入效益评估监督和缺乏长效机制问题,又有明显不公允及重惩罚轻激励的问题。流域生态补偿的进一步完善,关键是要在水资源单一国家所有制的基础上丰富与明晰水资源权益,建立以国家水资源终极宏观调控管理权和区域具体水资源财产收益权为核心的二级水资源权责制度,借助流域行政区域断面水量、水质的可测量技术及其已有流域补偿的成功经验,构建水资源补偿与优劣水质奖惩责任制相结合的流域跨区水资源补偿机制。