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教育部工程研究中心是我国国家科技创新体系的重要组成部分，已成为高校开展科学研究、技术转移和高新技术产业化的重要基地。本文在总结教育部工程中心取得的成绩的同时，也分析了中心在定位和自身建设等方面存在的不足和欠缺。并结合我国高校和社会发展的现状，对教育部工程研究中心的稳定运行与可持续发展进行了深入的思考，在中心内部运行管理机制、中心与外部环境的关系、中心快速成长急需解决的实现问题等几方面提出了建议。