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公立医院经费补偿机制是公立医院管理运行的重要组成部分，也是体现社会公益属性重要因素。公立医院综合改革启动以来，全面取消了公立医院药品、医用耗材加成，将公立医院补偿由原来的财政补助、医疗收入和药品耗材加成收入三个渠道变为财政补助和医疗服务收入两个渠道，斩断了医药间的利益链条，推动公立医院公益性回归。但公立医院改革后公立医院补偿机制的运行也出现了新的困难和问题。本文结合改革前后公立医院补偿机制的变化及相关运行数据测算，对新医改背景下创新公立医院补偿机制进行了研究分析，并提出创新公立医院补偿机制的思路和建议。