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由于科研项目预算管理存在着预算科目和核算科目不一致的问题，且缺乏统一、有效的协调机制，在经费预算与核算数据的归类上存在一定的随意性，使得科研项目预算管理在一定程度上陷于“预算编制和执行两张皮、财务和科研两套账、审计人员两头难”的困境，严重制约着预算管理功能的发挥．不利于提高财政资金使用效益。本文以科技部主管的国家科技项目预算科目及中央预算单位使用的核算科目为例。对比分析了预算科目和核算科目的差异，并提出了协调思路。