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多序列比对是生物信息学中重要的基础研究内容，对各种RNA序列分析方法而言，这也是非常重要的一步。不像DNA和蛋白质，许多功能RNA分子的序列保守性要远差于其结构的保守性，因此，对RNA的分析研究要求其多序列比对不仅要考虑序列信息，而且要充分考虑到其结构信息。本文提出了一种考虑了结构信息的同源RNA多序列比对算法，它先利用热力学方法计算出每条序列的配对概率矩阵，得到结构信息，由此构造各条序列的结构信息矢量，结合传统序列比对方法，提出优化目标函数，采用动态规划算法和渐进比对得到最后的多序列比对。试验证实该方法