【摘 要】
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所要解决的问题是从一组DNA序列中的每一条序列中寻找一条子序列,这些子序列具有相同的长度,同时在序列模式上具有高保守性.为了解决这个问题,首先从输入的序列中随机选择其
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所要解决的问题是从一组DNA序列中的每一条序列中寻找一条子序列,这些子序列具有相同的长度,同时在序列模式上具有高保守性.为了解决这个问题,首先从输入的序列中随机选择其中的若干条,利用贪婪算法从这些序列中选择一组具有高相似性的长度一致的子序列,把它们作为种子序列,对它们建立高阶位置特异性得分矩阵.然后从余下的序列中随机选择一条,利用这个矩阵对这条序列中的每一条长度与种子序列相同的子序列进行打分,从中选择得分最高的子序列,这就是要找的motif在这条序列中的实例,接下来利用找到的子序列更新高阶位置特异性得分矩阵,然后再重复寻找新的实例,如此迭代下去,直到从所有的输入序列中都找到一条子序列为止.对人工数据和真实的DNA序列进行试验,结果表明本算法可以有效地识别出序列中包含的高保守性motif.
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