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目的分析结核分枝杆菌利福平耐药的分子药敏(Xpert MTB/RIF)检测与在表型药敏(Bactec MGIT 960)检测结果不一致的机制。方法从2015年10月-2018年4月在长沙医学院第一附属医院进行Xpert MTB/RIF检测的8 274位患者中筛选出Xpert MTB/RIF检测利福平耐药而Bactec MGIT 960利福平敏感的患者39例,以及Xpert MTB/RIF检测利福平敏感而Bactec MGIT 960利福平耐药的患者7例,共46例患者标本复苏其分离株,然后提取基因组DNA并进行rpoB的利福平耐药决定区域(rifampicin resistance determining region,RRDR)测序,同时对所有复苏的分离株进行最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)测定,观察不同突变菌株的耐药程度。结果 46例患者中有2例菌株复活失败、2例菌株丢失,剩下42例菌株完成测序,其余有5株菌株RRDR区未发生突变,剩余的37株在rpoB基因的RRDR区有不同位点及不同类型的变异,其中有2株在508和509位点发生缺失突变,其它突变的位点有511、516、526、531、533。多数突变位点集中在526位,突变类型包括His526Asn、His526Leu、His526Gly、His526Cys四种,其余位点突变形式为Leu511Pro、Asp516Tyr、Leu533Pro。在511、516、526、533位点突变中,MIC测定除了一株突变类型为His526Leu的菌株为32μg/ml外,其余位点突变均表现为低水平耐药或敏感,而531位点突变中Ser531Trp、Ser531Leu均表现为高水平耐药。结论基于rpoB测序和MIC测定的结果显示特定rpoB基因突变可能导致结核分枝杆菌利福平耐药水平的改变,结核分枝杆菌利福平耐药(Xpert MTB/RIF)检测与(Bactec MGIT 960)检测结果不一致。