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从分子生物学、基因组学、蛋白质组学到糖组学，以还原论为哲学指导的医学研究已经取得了辉煌成果，与此同时，以系统论为哲学指导的系统生物学也日益受到关注，更被誉为新世纪生物学、医学研究的核心驱动力。还原论是系统论的基础和条件，而系统论则是还原论的归宿和终点，整个基础医学的研究进展经历了一场由还原论到系统论、再实现还原论与系统论辩证统一的演化过程。医学科学的发展历程闪耀着人类哲学理性思考的光辉，同时哲学思维也对医学研究进展做出了巨大的指导作用。