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以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒（分别命名为F1、F2、F3）为研究目标，根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物，采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段，并测定了3个毒株VP1基因的序列。结果表明，3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633bp，编码211个氨基酸。3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82．8％～99．1％之间，雅导氨基酸序列同源性在89．1％～99．1％之间。从系统发生树看，F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99．5％，属同一遗传