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目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)对临床细菌的鉴定能力。方法收集2014年9月至2015年1月苏州市立医院门诊和住院患者临床标本中分离出的4 511株病原菌,包括3 727株常见细菌,784株真菌,32株少见菌,按标准操作流程分离和培养后,用MALDI-TOF MS和Phoenix-100分别鉴定所分离菌株,鉴定结果不一致菌株采用细菌16S r RNA基因测序技术予以确认;采用MALDI-TOF MS和传统手工法鉴定真菌。结果 3 727株常见细菌,MALDI-TOF MS检出率为97.0%,Phoenix-100检出率为98.6%。另有35株黏液性肺炎克雷伯菌和42株黏液性铜绿假单胞菌,MALDI-TOF MS未能鉴定出,而Phoenix-100均可正确鉴定。两者对克雷伯菌属和假单胞菌属的检出率差异有统计学意义(χ2值分别为36.219、17.288,P均=0.000),对摩根氏菌属、无色杆菌属、黄杆菌属、变形杆菌属的检出率均为100%,对其余菌属检出率差异均无统计学意义(葡萄球菌属、肠球菌属、埃希氏菌属、肠杆菌属、不动杆菌属、伯克霍尔德氏菌属的χ2值分别为2.304、0.000、0.000、1.185、1.343、0.611、0.000,沙雷氏菌属、枸橼酸杆菌属、普罗威登斯菌属、窄食单胞菌属均经fisher检验;P均>0.05)。两系统鉴定结果不一致的80例菌株经16S r RNA基因测序,有47株被MALDI-TOF MS正确鉴定,有28株被Phoenix-100正确鉴定,且差异有统计学意义(χ2=9.060,P=0.003)。MALDI-TOF MS对念珠菌属、酵母菌属以及丝孢酵母菌属的检出率分别为90.7%、100%和100%。32株临床少见菌(芽孢杆菌属、乳杆菌属、丝孢酵母菌属、莫拉氏菌属、产单核李斯特菌等)经MALDI-TOF MS鉴定均得到可信结果。结论 MALDI-TOF-MS能够对葡萄球菌属、肠球菌属、肠杆菌科、非发酵菌群等临床常见细菌以及念珠菌属、酵母菌属等真菌进行可信鉴定,是临床微生物实验室病原菌诊断的有力工具。