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新一代测序技术（next-generation sequencing，NGS）的应用开拓了肿瘤分子生物学研究的新领域，已在包括头颈鳞状细胞癌在内的人体多种肿瘤研究中成果显著。头颈鳞状细胞癌是一类恶性程度及异质性程度较高的肿瘤，其发生发展的分子生物学机制迄今未明。本文主要从关键突变基因、风险因素、基因作用途径、靶向药物进展、放化疗疗效及预后评估等方面综述NGS在头颈鳞状细胞癌的研究现状。