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晋棉45号（99A-44）是由山西省农科院棉花研究所抗旱育种课题组1996年以从晋棉13号中选出的丰产、优质、抗旱、高衣分品系94H-14为母本，以抗病虫株系K338为父本，历经杂交、回交、南繁加代培育而成。2000—2001年在所内品比试验中表现突出。2003—2005年参加山西省棉花新品种区域试验及2005年的棉花新品种生产示范。2006年3月通过山西省农作物品种审定委员会审定命名。