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为了充分利用现有的生物医学文献和基因组信息来确定基因之间的功能关系，开发了一个基于Web的生物信息学软件环境，叫做基因功能关系助手（GFRA）。该软件使用了非负矩阵因子分解（NMF）的算法，便于发现基因之间的功能关系并根据基因之间的相关程度将其分类。使用3个手动构建的基因文档集合来测试GFRA，准确率达到一定的精度。GFRA实现了从文本流和文本库（如MEDLINE）中挖掘知识，鉴定新基因之间的功能关系，对于验证和分析由微阵列实验提出的基因关联有很大帮助。