目的:了解我国3种登记注册类型(内资、外资、港澳台资)医药制造企业研发投入与产出的差异,为提高整个医药制造业的研发能力提供参考。方法:根据《中国高技术产业统计年鉴》2010-2013年公布的数据,对2009-2012年我国3种登记注册类型医药制造企业相关研发指标进行分类分析。结果:从企业研发投入的均值上看,港澳台资企业在研发人员全时当量、研发人员数量、研发人员占平均从业人员数量的比例、研发经费内部支出及其占主营业务收入的比例、有研发活动的企业数占企业总数的比例等方面指标中均为最高,外资企业次之,内资企业最低。在研发产出各项指标中,就新产品销售收入而言外资企业表现最好,港澳台资企业次之,内资企业最低;就新产品销售收入占主营业务收入的比例和企业平均有效发明专利数2个指标而言,港澳台资企业表现最好,外资企业次之,内资企业最低。结论:内资企业在研发投入和产出方面均不足。因此其应加强在人才、资金等方面的创新投入,激发企业创新文化,增加新产品销售收入,提高企业知识产出,以提高我国医药制造业内资企业的研发能力。