陳云的科学决策思想凝聚在他常说的三句话之中：一曰“不唯上、不唯书，只唯实”；二曰“用90％以上的时间研究情况，用不到10％的时间决定政策”；三曰“全面、比较、反复”。陈云的三句话并不难理解，但要真正做到很不容易，这里面甚至包括许多血与泪。
　　陈云这三句话，是从延安整风时讲起，讲到建国以后几十年，已经不知讲了好多遍了。延安整风时期，陈云提出的“不唯上、不唯书，只唯实”，是对我党自创立到延安整风其间20年左右历史中两种思想路线的高度概括和最好的总结。在那段历史中，我党受教条主义的统治长达10年之久。在教条主义统治的年代，谁要不唯上，不唯书，有的就可能受到残酷斗争和严重的打击。不幸的情况又出现在“文化大革命”中。可见，要做到不唯上，不唯书，只唯实，需要一个共产党员有高度的彻底的唯物主义精神。从这些血与泪的历史教训中，需要我们领导于部吸取的是，一定要允许下级不唯上，不唯书，只唯实。只有这样，才能保证在上者的正确。作为领导者，再也不能听不得下级相反的但却是实事求是的真知灼见，决不能对这种情况再搞残酷斗争了。只有在上者高度发扬民主，坚持辩证唯物主义，实事求是的空气才能在我们党内越来越浓，而那种历史上曾经出现过的浮夸、假大空等歪风，才会真正除掉。
　　党的十一届三中全会以后，党中央总结了我党历史上正反两个方面的经验，思想路线、政治路线、组织路线更加端正和成熟。而这种端正成熟的标志之一，就表现在中央领导同志鼓励我们要做一个彻底的唯物主义者。党中央的领导是正确的，但其所规定的政策，只能照顾全局，照顾一般，而到结合各地区、各部门的具体情况进行贯彻时，就需要各地区、各部门的领导者认真研究当地当时的具体情况，这些是不能由中央和上级包办的。我们党平时所说的吃透两头，正是这个意思。所谓吃透两头，一要吃透中央的方针政策和上级指示的精神，二要吃透下面的情况。而吃透下面的情况，则是最主要的。我们国家之大、人口之多、发展之不平衡、情况复杂之程度，都是别的国家无可比拟的。因此，在处理中央和地方的关系时，中央没想的，地方可以想；中央没说的，地方可以说；中央没让做的，地方看准了的，地方可以做；中央说错了的，地方可以争。当然，地方在想、说、做、争中，有新的意见和措施时，要报告中央，有的要请中央批准。这样，既保持了党的团结、集中、统一和纪律，又发挥了下级和地方的主动性、积极性和创造性。现在的党中央是完全可以信赖的党中央，我们各级领导更应该发扬陈云所说的只唯实的实事求是的精神。
　　陈云讲不唯书，只唯实。也不是不要学习理论。恰好相反，陈云既是我党实事求是的模范，也是我党的学习模范。延安整风时期，有两个学习小组学得最好，其中一个就是陈云领导的。他领导的这个组，从始至终学完了马恩丛书。“文化大革命”期间，陈云又学完了马列全集，尤其十月革命后列宁的著作。陈云学习理论，总是要结合实际，考虑理论中有那些适合我们的情况，如何结合我们的实际，进行贯彻；他也考虑哪些理论不符合我们的实际，应当纠正；哪些实际情况是理论上未讲到的，需要我们从理论上、政策上补充和发展。由于陈云结合实际学习理论，所以，他的著作深人浅出，通俗易懂，而且经得起实践的检验，证明是正确的。
　　要唯实，就得实行陈云提倡的用90％以上的时间研究情况，用不到10％的时间决定政策的思路。现在，很多同志认为难以做到陈云所说的这一条，原因就是一个字：忙。其实，仔细考察一下，我们许多同志忙了不应该自己忙的事，以党代政，政企不分，上级包办下级之事。这些都不是领导者应该忙的事，自己却在那里忙得不亦乐乎！其实，忙不到点子上，忙也忙不好，疏漏很多，拖延很多，失误很多，结果下面意见一大堆，吃力不讨好。
　　领导者要善于抓中心工作，带动一般，推动工作由这一阶段向下一阶段发展。如果领导者实行正确领导，注意维护下级权利，树立下级权威，自己就完全可以摆脱忙乱，而投入他应当忙的工作当中去，这样才有可能做到用90％以上的时间进行调查研究，用不到10％的时间决定政策。
　　陈云还是我党调查研究工作的模范，而且他总是根据不同的情况采取不同的调查方法。他在典型调查中，也为我们做出了榜样。比如他在《青浦调查》一文中，关于养猪的调查，就是一个范例。他到青浦，对养猪有关的各方面的情况，都虚心向农民求教，垂询备至，反复计算，才得出养猪私养为主的方针。这个方针的决定，时间很短，写成文件也不过两天，但调查的时间却用了20天。陈云并不根据自己的典型调查搞一刀切的决策，如他认为母猪也应私养为主，但像上海郊区菜农，就不一定以母猪私养为主。
　　陈云的调查决不是只采取典型调查的方法。他还向很多部门调查。比如《落实钢铁指标问题》，他就是听取冶金部6次汇报，然后由中央财经小组集中讨论后才向政治局汇报的。我们通过这篇文章，可以看到陈云实事求是的精神。他总是如实的反映情况，从已经掌握的材料，得出可以得出的结论；然后，说明还有什么情况，应当调查而未来得及调查，还不要做出决定，允许进一步调查，再做出最后决定等等。我们从这些调查报告中，清楚地看到，它们对于纠正1958年“大跃进”的左倾错误，克服和减少左倾错误造成的灾害所起的重大作用。
　　在调查研究中，我们还要向陈云学习设法启发大家提出相反的意见。相反的意见，并不等于不正确的意见，只是和领导者原来设想的意见有所不同罢了。只有领导者虚心求教，听取各种不同的意见，反复比较研究，才能得出比较正确的结论。有时正确的但和领导者原来的设想相反的意见，倒可以纠正领导者不正确的意见，或使领导者原来设想的意见得到补充、丰富和发展。有时听不到相反的意见，陈云就自己设想出许多相反的意见，从最坏的可能结果考虑对策，向最好的结果努力，使决策作到万无一失。1956年，陈云说过这样一段话：“有人说：商业工作天天挨骂。我看，挨骂有不好的一面，但也有好的一面。一有错误就有人骂，容易改正。如果人家天天喊万岁，一出错就是大错。商业工作有不少唱对台戏的，这可以促使我们改进，失败乃成功之母。有了错误，加以改正，就可以不断进步。如果5年没有人说有错误，一直往上爬，到第6年再从5层楼上跌下来，那就坏了。例如，建设武汉长江大桥，如果有毛病不指出来，一味地高呼万岁，一下跨了就不得了。宝成铁路修通了，只是高呼万岁，现在老塌方。”（见《陈云同志文稿选编》第30页）陈云的这些话如果得到采纳，我们也许不至于有以后的左倾错误。
　　陈云所说的全面、比较、反复，其中的意思，首先就是指要听取正反几个方面各种不同的意见，从各个侧面看问题。他在《怎样使我们的认识更全面些》一文中说：“用什么办法来弄清情况呢！办法之一，就是多和别人交换意见。这样做，本来是片面的看法，就可以逐渐全面起来；本来不太清楚的事物，就可以逐渐明白起来；本来意见分歧的问题，就可以逐渐一致起来。如果没有反对意见怎么办？我看可以做点假设，从反面和各个侧面来考虑问题，并且研究各种条件和可能性，这就可以使我们的认识更全面些。我们犯错误，就是因为不根据客观事实办事。但犯错误的人，并不都是没有一点事实根据的，而是把片面当成了全面。”陈云的这句话非常重要，那种以片面事实作借口，而不肯真正认识事物的全面，探求事物发展规律，往往是要犯错误的。
　　要想认识全面，还需要反复比较地去研究问题。陈云在《怎样使我们的认识更全面些》一文中说：“研究问题，制订政策，决定计划，要把各种方案拿来比较。不但要和现行的作比较，和过去的作比较，还要和外国作比较。这样进行多方面的比较，可以把情况弄得更清楚，判断得更准确。”比如，陈云说，毛泽东关于统一战线的政策，就是从历史上和陈独秀与王明作比较；毛泽东关于抗日战争的战略问题，就是从横的方面，和日本军国主义作比较。而关于我国现代化建设的战略，陈云是我党领导率先研究世界新技术革命现状和趋势，使我国现代化建设能适应新形势的迎接挑战者之一。
　　陈云还说：“作了比较以后，不要马上决定问题，还要进行反复考虑。对于有些问题的决定，当时看来是正确的。但是过了一个时期就可能发现不正确，或者不完全正确。因此，决定问题不要太匆忙，要留一个反复考虑的时间，最好过一个时候再看看，然后再做出决定。”（见《陈云同志文稿选编》第196页）这就是陈云所说的反复，这种决定问题审慎从事的主张，也是领导决策中需要加以注意的问题。