自改革开放以来,我国沿海城市经历了30多年的快速工业化和城镇化。在这一过程中,粗放型经济增长方式带来了资源环境的恶化和土地利用的低效,使得土地再开发成为现阶段和未来一段时间内中国许多城市解决空间发展瓶颈、提升城市质量的必然选择。从现实情况来看,中国土地再开发,尤其是村镇层面的土地再开发,进展并不顺利,土地再开发过程中出现的利益冲突及其导致的经济绩效损失已经成为当前城市发展的核心问题,然而这一问题并不能通过一般经济演化规律得到完整的解释。基于新制度经济学,本文从中国转型阶段的实际情况出发,以村镇产业用地再开发为例,从理论和实证方面分析了集体土地权属模糊和集体土地流转制度缺陷这两种主要的制度约束在村镇产业用地再开发利益冲突过程中扮演的角色,并进一步揭示了这种由制度约束所引发的利益冲突对村镇产业用地再开发可能产生的不利影响,最后从机制创新的角度为村镇产业用地再开发提出建议。