企业利润率差异的形成机制能够折射出企业的生存环境和产业的未来发展态势。本文首次利用中国第二次经济普查第三产业的42万余家企业数据,通过基于回归的Shapley值分解法,考察了中国生产性服务企业的利润率差异及其来源。结果表明,生产性服务企业的盈利能力明显高于同期的工业企业,但由于政府对不同生产性服务行业的行政垄断程度差异以及制造业对生产性服务需求的低端性,生产性服务企业间的利润率差异并非如资源基础论所认为的那样大部分由企业效应产生,而是很大程度上归因于所处行业的不同,并且,行业效应中市场结构和需求两类外生因素对利润率差异形成的贡献率明显高于行业内生的知识密集程度的贡献率,企业效应中所有制类型、非生产性支出和融资渠道的贡献率显著高于直接影响生产性服务质量的企业规模和人力资本的贡献率。强产业效应的存在说明行政垄断已经制约了中国生产性服务企业的个体成长空间,利润率差异主要源于企业主营业务之外和产业外生变量的现象则暴露出中国生产性服务企业在经营中过度依赖外部因素,对核心竞争力的培育和投入不足。要想切实改变中国生产性服务业发展迟缓的状况,必须采取措施纠正生产性服务企业在利润率差异形成机制上的扭曲。