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基础医学院是校本部规模最大的综合性学院。学院拥有基础医学和生物学2个北京市重点一级学科,下设11个学系(二级学科)和1个基础医学实验教学中心,其中神经生物学学科为国家重点学科,3个学科进入ESI前5‰,2个学科进入ESI前1%。2019年首都医科大学基础医学学科获评为北京市教育委员会北京高校高精尖建设学科。学院拥有基础医学和生物学2个一级学科博士点和博士后科研流动站、1个省部共建国家重点实验室培育基地、2个教育部重点实验室、4个北京市重点实验室和2个北京市协同创新中心。2019年学院荣获全国教育系统先进集