随着全球价值链分工趋于细化，众多国家在世贸组织的基础上，签订了一系列区域自由贸易协定来深化彼此之间的贸易联系。然而，过去的自贸协定基本都局限于关税优惠与非关税壁垒的放开，因而各国之间贸易规模在实质上难以显著扩大，出口产品结构不尽合理。基于此，部分国家之间开始尝试签订新的贸易协定，旨在完善并细化服务、投资、产权保护等规则，从而提升自贸协定深度。但由于许多国家对于自贸协定深度的价值缺乏科学认知，导致相关合作推进缓慢。因此，本文实证分析自贸协定深度对我国跨境电商出口产品结构的影响机制，旨在为政府提高自贸协定深度、优化跨境电商出口产品结构提供决策依据。研究结果显示：自贸协定深度与我国跨境电商出口产品结构之间呈现显著正相关关系；伙伴国家之间的对外开放程度与贸易自由度有利于消除贸易壁垒，促进我国跨境电商出口产品结构优化；伙伴国家之间地理距离与跨境电商出口产品结构优化之间呈现显著负相关关系。