本研究基于线粒体DNA分子标记NADH脱氢酶亚基1基因(ND1)部分序列分析了印度-西太平洋海域的胡椒鲷属及少棘胡椒鲷属共16种胡椒鲷鱼类的系统进化关系。采用最大简约法及最大似然法构建了系统进化树。进化树上,16种胡椒鲷鱼类共形成两个形态特征截然不同的类群,其中类群一的种类体表具有各种鲜艳的颜色与多变的斑纹,主要分布在西太平洋地区;类群二的种类颜色灰暗单一,少数体表具有暗色斑点与条纹,大多数分布在印度洋地区。此外,进化树上,少棘胡椒鲷属的种类都位于胡椒鲷属的类群一内部,与斑胡椒鲷,暗点胡椒鲷形成的姐妹种有较近的亲缘关系。基于遗传距离的数据,少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属间的平均遗传距离小于胡椒鲷属内部种间的遗传距离,显示出少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属有非常近的亲缘关系,支持少棘胡椒鲷归类于胡椒鲷属的观点。