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一、会计集中核算执行过程中存在的问题
（一）会计核算中心工作模式上存在缺陷
实行会计集中核算后，会计核算中心内一名会计人员兼记多个单位账务，少则两三个，多则四五个，甚至更多。会计人员常年在核算中心上班，整天忙于报账、整理和装订凭证、打印凭证和编制报表等会计业务，不参与有关单位内部工作或管理，对各单位的具体业务事项知道甚少或根本不知道。记账人员对各单位报来的发票只要手续齐全就予以报销，无法判断业务的真实性、合法性，监督职能无法得到充分发挥。
（二）会计核算的准确性有待进一步加强
由于会计核算与财务管理的脱节，核算中心会计独立于单位，对各单位的具体业务和开支项目及资金来源、性质并不完全清楚，特别是单位的专项经费及往来款。1、由于部分报账会计素质不高，从纳入核算的单位看，有的报账会计是由原来的出纳担任，他们对会计核算业务并不熟悉，报账时往往不能准确填写资金来源、性质、开支渠道。这些因素直接制约着会计核算的准确性，往往造成会计账务处理不当，从而造成会计信息失真。2、专项资金不能专款专用。大部分单位都有专项资金，但核算中心人员对专项资金具体用途不能准确地把握，往往造成专款不能完全专用，致使财政资金使用效益得不到真正体现，甚至发生挥霍浪费现象。3、往来款项不能及时清理。由于核算中心人员对各单位情况了解较少，加之部分单位又不能及时主动报账，致使有的往来款项年复一年的挂着，久而久之形成了呆账死账，从而造成国有资产的流失。
（三）会计核算与资产管理相脱节
会计核算中心对各单位的资产不能进行定期清查盘点，容易造成国有资产流失。核算中心人少事多，往往忽略了资产管理，特别是在固定资产的后续控制上，会计核算与资产管理相脱节，加上部分单位实物短少又不能及时向核算中心报账，导致账实不符，从而导致会计信息失真。
（四）开支标准与实际支出差距大
现行行政事业单位开支标准与具体繁杂的实际支出有较大差距，给核算中心会计人员的实际操作带来困难。统一的财务开支标准是行政事业单位财务工作中正确处理人、财、物、事四者之间关系的重要依据和标准，如果对超出规定的开支听之任之，不仅违背了财务制度，放弃了会计监督，而且可能助长不正之风和腐败现象的蔓延。但如果对超标开支一律不予报销，则有可能影响各部门各单位行政任务的完成和各项事业的发展。这样就会经常出现对某一支出预算单位请求支付与核算中心拒绝支付的矛盾，这也是核算中心急需解决的问题。
二、完善行政事业单位会计集中核算的措施
（一）加强与完善会计集中核算基础工作
加强会计核算基础工作，优化业务流程，减少中间环节，提高工作效率，以优质服务取得各方面的理解和支持。不断完善配套管理制度，健全和完善会计核算中心的内部监督机制、责任追究制度、内部稽核制度、预算管理制度、政府采购制度、资产清查制度、财务管理制度等，做到以制度管人，按制度办事。定期进行业务培训与交流，及时更新知识，提高会计人员的业务水平。
（二）买现会计集中核算和国库集中收付有效衔接
实行会计集中核算制和国库集中收付制是财政部门当前公共财政改革的两项重要内容。其目的是进一步提高财政资金的使用效益和加强会计监督，有利于财政资金统一调度，降低财政资金的运行成本。实行会计集中核算后，对所有预算单位的账户实行统一管理，不但有利于财政部门全面掌握各预算单位的资金使用情况，而且汇聚了资金，为实行国库集中收付制度打下了良好基础。
其具体办法是：在实行会计集中核算的基础上，财政部门不再对预算资金层层下拨，只向单位下达年度预算总指标利月度用款计划，除小额零星开支由单位备用金支付外，单位人员经费由核算中心按规定直接拨付到享受人员的个人银行账户，单位发生的采购行为由政府采购中心统一办理，核算中心直接从财政单一账户上支付给供应商。会计集中核算与国库集中收付实现有效衔接，从而大大提高会计信息质量和工作效率，保证单位会计核算的完整性，加强部门预算的严肃性，实现支出预算化、账户国库化、核算完整化的目标。
（三）加快会计核算中心职能转变，从核算型向管理型转化
目前会计核算中心日常主要的工作是资金支付和会计核算，没有真正发挥控制与评价的作用。核算中心要建立支出绩效评价制度，对各单位的支出行为、支出成本及产生的效益进行科学分析比较、衡量和评估。进一步优化支出结构，提高财政性资金使用的经济性、效益性，定期做好各单位支出的增减变化因素分析，针对预算编制与执行中存在的问题及财务管理的薄弱环节提出改进意见。会计核算中心要从核算型向管理型转变，彻底扭转将会计核算中心视作单纯的记账机构的观念。会计核算中心要加强对支出的监督，使服务与监督并存，寓监督于服务之中，真正从源头上预防腐败。
（四）加强报账会计队伍建设
实行会计集中核算并不改变单位会计责任主体，并不减少各部门财务职能，而且随着财政改革的深入开展，部门财务管理的职能还需更进一步加强。要不断加强报账会计队伍建设，不断完善报账会计监督考核机制，对报账会计分阶段就行政事业单位财务管理、财务规则、会计制度知识实行系统培训，对实际工作中出现的具体问题加强业务指导。报账会计须持证上岗，要加强报账会计的会计职业道德教育。
（五）加强各核算单位的资产管理
1、加强行政事业单位的实物资产管理。一是要建立健全财产的登记、保管、使用、处置等管理制度，确保资产的安全和完整，实现资产的优化配置和节约高效。二是行政事业单位对资产处置应严格执行国有资产管理制度，认真履行规定的报批和备案手续，及时进行账务处理。三是应该对各单位实行资产定期清查制度。每年编制年报前，会计核算中心应对各单位财产盘点并编制财产清查报表，通过财产清查确保账表、账实、账账相符。
2、加强往来款项的核算管理。每年定期按规定对往来款项进行确认、结转或核销，及时清理账款，确保往来款项真实准确。将往来款与其他经常性存款分开核算，单位除代扣款外其他往来资金一律通过往来性存款专户核算，避免挤占混用。
3、加强专项资金管理，做到专款专用，规范运作。严格专项资金报账手续，对专项资金项目进行事前、事中、事后全过程的跟踪管理，规范使用专项资金，不得挪用、截留或套取专项资金。
（六）正确处理经费开支标准与实际支出间的矛盾
1、制订统一可行的开支标准。财政、人事部门作为制定经费开支标准的执行部门，应在进行充分的调查论证的基础上根据物价指数、开展工作的实际需要和财政资金的供给可能。开支标准要切实可行，具有可操作性，同时要随着时间的推移，适时进行调整，克服制度和标准的滞后性。
2、严格执行经费开支标准，会计核算，中心要严格把关，各部门不得随意提高标准或扩大开支范围，包括费用支出、福利待遇、出差补助、通讯及交通补助等方面，必须同一标准，严禁相互攀比、滥发钱物、大吃大喝等行为，消除部门之间贫富不均和浪费的现象。对单位确实需要支付的款项，而又找不到文件规定的，一般先参照单位意见执行，但事后要注意跟踪问效。
（一）会计核算中心工作模式上存在缺陷
实行会计集中核算后，会计核算中心内一名会计人员兼记多个单位账务，少则两三个，多则四五个，甚至更多。会计人员常年在核算中心上班，整天忙于报账、整理和装订凭证、打印凭证和编制报表等会计业务，不参与有关单位内部工作或管理，对各单位的具体业务事项知道甚少或根本不知道。记账人员对各单位报来的发票只要手续齐全就予以报销，无法判断业务的真实性、合法性，监督职能无法得到充分发挥。
（二）会计核算的准确性有待进一步加强
由于会计核算与财务管理的脱节，核算中心会计独立于单位，对各单位的具体业务和开支项目及资金来源、性质并不完全清楚，特别是单位的专项经费及往来款。1、由于部分报账会计素质不高，从纳入核算的单位看，有的报账会计是由原来的出纳担任，他们对会计核算业务并不熟悉，报账时往往不能准确填写资金来源、性质、开支渠道。这些因素直接制约着会计核算的准确性，往往造成会计账务处理不当，从而造成会计信息失真。2、专项资金不能专款专用。大部分单位都有专项资金，但核算中心人员对专项资金具体用途不能准确地把握，往往造成专款不能完全专用，致使财政资金使用效益得不到真正体现，甚至发生挥霍浪费现象。3、往来款项不能及时清理。由于核算中心人员对各单位情况了解较少，加之部分单位又不能及时主动报账，致使有的往来款项年复一年的挂着，久而久之形成了呆账死账，从而造成国有资产的流失。
（三）会计核算与资产管理相脱节
会计核算中心对各单位的资产不能进行定期清查盘点，容易造成国有资产流失。核算中心人少事多，往往忽略了资产管理，特别是在固定资产的后续控制上，会计核算与资产管理相脱节，加上部分单位实物短少又不能及时向核算中心报账，导致账实不符，从而导致会计信息失真。
（四）开支标准与实际支出差距大
现行行政事业单位开支标准与具体繁杂的实际支出有较大差距，给核算中心会计人员的实际操作带来困难。统一的财务开支标准是行政事业单位财务工作中正确处理人、财、物、事四者之间关系的重要依据和标准，如果对超出规定的开支听之任之，不仅违背了财务制度，放弃了会计监督，而且可能助长不正之风和腐败现象的蔓延。但如果对超标开支一律不予报销，则有可能影响各部门各单位行政任务的完成和各项事业的发展。这样就会经常出现对某一支出预算单位请求支付与核算中心拒绝支付的矛盾，这也是核算中心急需解决的问题。
二、完善行政事业单位会计集中核算的措施
（一）加强与完善会计集中核算基础工作
加强会计核算基础工作，优化业务流程，减少中间环节，提高工作效率，以优质服务取得各方面的理解和支持。不断完善配套管理制度，健全和完善会计核算中心的内部监督机制、责任追究制度、内部稽核制度、预算管理制度、政府采购制度、资产清查制度、财务管理制度等，做到以制度管人，按制度办事。定期进行业务培训与交流，及时更新知识，提高会计人员的业务水平。
（二）买现会计集中核算和国库集中收付有效衔接
实行会计集中核算制和国库集中收付制是财政部门当前公共财政改革的两项重要内容。其目的是进一步提高财政资金的使用效益和加强会计监督，有利于财政资金统一调度，降低财政资金的运行成本。实行会计集中核算后，对所有预算单位的账户实行统一管理，不但有利于财政部门全面掌握各预算单位的资金使用情况，而且汇聚了资金，为实行国库集中收付制度打下了良好基础。
其具体办法是：在实行会计集中核算的基础上，财政部门不再对预算资金层层下拨，只向单位下达年度预算总指标利月度用款计划，除小额零星开支由单位备用金支付外，单位人员经费由核算中心按规定直接拨付到享受人员的个人银行账户，单位发生的采购行为由政府采购中心统一办理，核算中心直接从财政单一账户上支付给供应商。会计集中核算与国库集中收付实现有效衔接，从而大大提高会计信息质量和工作效率，保证单位会计核算的完整性，加强部门预算的严肃性，实现支出预算化、账户国库化、核算完整化的目标。
（三）加快会计核算中心职能转变，从核算型向管理型转化
目前会计核算中心日常主要的工作是资金支付和会计核算，没有真正发挥控制与评价的作用。核算中心要建立支出绩效评价制度，对各单位的支出行为、支出成本及产生的效益进行科学分析比较、衡量和评估。进一步优化支出结构，提高财政性资金使用的经济性、效益性，定期做好各单位支出的增减变化因素分析，针对预算编制与执行中存在的问题及财务管理的薄弱环节提出改进意见。会计核算中心要从核算型向管理型转变，彻底扭转将会计核算中心视作单纯的记账机构的观念。会计核算中心要加强对支出的监督，使服务与监督并存，寓监督于服务之中，真正从源头上预防腐败。
（四）加强报账会计队伍建设
实行会计集中核算并不改变单位会计责任主体，并不减少各部门财务职能，而且随着财政改革的深入开展，部门财务管理的职能还需更进一步加强。要不断加强报账会计队伍建设，不断完善报账会计监督考核机制，对报账会计分阶段就行政事业单位财务管理、财务规则、会计制度知识实行系统培训，对实际工作中出现的具体问题加强业务指导。报账会计须持证上岗，要加强报账会计的会计职业道德教育。
（五）加强各核算单位的资产管理
1、加强行政事业单位的实物资产管理。一是要建立健全财产的登记、保管、使用、处置等管理制度，确保资产的安全和完整，实现资产的优化配置和节约高效。二是行政事业单位对资产处置应严格执行国有资产管理制度，认真履行规定的报批和备案手续，及时进行账务处理。三是应该对各单位实行资产定期清查制度。每年编制年报前，会计核算中心应对各单位财产盘点并编制财产清查报表，通过财产清查确保账表、账实、账账相符。
2、加强往来款项的核算管理。每年定期按规定对往来款项进行确认、结转或核销，及时清理账款，确保往来款项真实准确。将往来款与其他经常性存款分开核算，单位除代扣款外其他往来资金一律通过往来性存款专户核算，避免挤占混用。
3、加强专项资金管理，做到专款专用，规范运作。严格专项资金报账手续，对专项资金项目进行事前、事中、事后全过程的跟踪管理，规范使用专项资金，不得挪用、截留或套取专项资金。
（六）正确处理经费开支标准与实际支出间的矛盾
1、制订统一可行的开支标准。财政、人事部门作为制定经费开支标准的执行部门，应在进行充分的调查论证的基础上根据物价指数、开展工作的实际需要和财政资金的供给可能。开支标准要切实可行，具有可操作性，同时要随着时间的推移，适时进行调整，克服制度和标准的滞后性。
2、严格执行经费开支标准，会计核算，中心要严格把关，各部门不得随意提高标准或扩大开支范围，包括费用支出、福利待遇、出差补助、通讯及交通补助等方面，必须同一标准，严禁相互攀比、滥发钱物、大吃大喝等行为，消除部门之间贫富不均和浪费的现象。对单位确实需要支付的款项，而又找不到文件规定的，一般先参照单位意见执行，但事后要注意跟踪问效。