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针对当前自主水下观测系统控制器功耗高、集成度低、稳定性差的现状，重新设计了基于ARM构架的自主水下观测系统控制器；根据系统搭载传感器数量多及存储数据量大的特点，设计中采用以arm920T为内核的ARM微处理器，扩展了多个外设接口，并对所有来自外部开关量控制信号以及数据传输通道均进行光电隔离处理，有效抑制了信号反射及EMI现象；试验结果表明该系统硬件设计满足程序运算、数据存储和实时性的要求，达到了低功耗、高集成度、高稳定性的目的。