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以广东省20个城市为决策单元，选用数据包络分析（DEA）中的C^2R和C^2GS^2模型，评价分析2008年全省专业镇科技资源配置效率总体情况。研究表明：全省专业镇科技资源配置效率总体水平较低，而珠三角经济区和粤东地区相对较高；非纯技术有效问题比较严重，规模无效现象比较普遍；纯技术效率和规模效率对科技资源配置效率均有显著影响；13个无效城市的专业镇科技资源投入冗余较大，产出不足量较小。基于此，提出5点促进专业镇科技资源有效配置的政策建议。